Eu tenho experiência no Windows e em Linux, tanto pra desenvolvimento quanto pra Produção.
O node em si roda muito bem no Windows, não me lembro de ter encontrado um blocker no uso do Node. O problema são os pacotes. Como o Node foi desenvolvido no mundo Linux e Unix os pacotes são focados nesses ambientes. Muitos pacotes assumem que você tem algo a mais disponível, como o Python por exemplo. É o tipo de coisa comum e fácil de configurar no Linux, mas não no Windows. O make é outro problema. Vá compilar um contextify ou um bcrypt no Windows pra ver a dor de cabeça.
O grunt também já vi ter comportamentos diferentes, precisaria investigar mais, mas algo que roda de um jeito no Linux roda de outro no Windows. O Watch de arquivos pelo que eu me lembro não funciona direito.
Eu prefiro desenvolver node no Linux porque prefiro o ambiente nativo. Uso Vim, Gnome com multiplos workspaces, enfim. Dá pra desenvolver no Windows, mas é uma experiência inferior. Uma linguagem dinâmica vai ganhar pouco de qualquer IDE, então não faz sentido usar um Visual Studio, por exemplo, que é sensacional pra C#, mas não faz diferença pra JavaScript ou CoffeeScript. Ou um Eclipse. Por isso que o Rubymine nunca pegou no meio Ruby também. Talvez com TypeScript ele fique legal, mas nunca experimentei, ainda preciso pegar um projeto pra ver se vale a pena, e ainda assim não sei se preferiria ficar no Windows.
Se você for rodar a aplicação no Windows, talvez tenha problema de compilação dos pacotes nativos (como o bcrypt que eu falei). Se tudo compilar, vai rodar.
Não posso dizer que o desempenho é melhor ou pior em um ou outro, não fiz benchmark.
Uso o node também no dia a dia nos projetos de .NET na Lambda3, aos poucos a empresa está adotando (também usamos nos projetos de Java e Ruby). Node é uma ferramenta de desenvolvimento sensacional, com o Grunt (ou Gulp), Bower, Requirejs, CoffeeScript, etc. Mas não posso dizer que é uma experiência suave. É difícil integrar na stack Microsoft, é muito esforço. O setup de um projeto .NET que usa Bower é complicado. Até fiz uns Nuget pra facilitar:
Esses pacotes podem evoluir muito ainda, mas é um começo.
[]s
Giovanni Bassi