Como bien apunta mi tocayo, sería interesante habilitar el log de hibernate, si tienes problemas para habilitar el log de NHibernate, podrías utilizar un interceptor en OnPrepareStatment para obtener las sentencias que se envían y pasarlas por un log.
No obstante, lo más interesante sería obtener cual es el error que devuelve nhibernate. Parece un caso muy específico y muy raro. Los mapeos están compilados por lo que en la misma dll que se actualizó en el resto de los equipos debieran estar los mismos mapeos.
Estoy dando palos de ciego, pero igual también sería interesante si la base de datos a la que acceden los diferentes equipos es una base de datos distribuída o local.
En el caso de que fuese una base de datos local pudiera estar por ahí el error?