Boa tarde Roberto e Heron,
Depois de algumas tentativas, consegui validar, assinar, autorizar e gerar a Danfec.
Tive que fazer algumas mudanças pois eu não gero um config.json na pasta que a API busca. Fiz uma classe que gera um json com json_encode em tempo de execução, pois terei vários clientes com configurações diferentes.
Assim tive que passar na instancia da classe new Danfce, todos os parâmetros que o construtor necessitava, inclusive a url do QRCode.
Outra mudança que tive que fazer foi no arquivo Danfce.php, no método montaDANFCE eu passei um segundo parâmetro que é meu arquivo de configuração. Assim a variável $toolsNFe passou a receber esse meu parâmetro, anteriormente o caminho do json estava estático.
Como existem outras formas de chegar a um resultado, não sei se isso é de alguma forma válido para a comunidade.
Obrigado pela ajuda!