Rubens, para gerar a nota seu software precisar gerar +1 na nota.
Vc esta começando agora?
Se sim, já foi emitido nota anteriormente com este CNPJ?
Se sim, precisa saber em que número parou para continuar a emitir após esta numeração.
A nota só dá duplicidade se estiver enviando a mesma chave para consulta e o retorno do protocolo o mesmo.
Verifique essas questões. Pois não tem como dar duplicidade simplesmente por emissão.
Ordem dos arquivos para emissão das notas (conforme exemplos):
include ('xml_gerar.php');
include ('xml_assina.php'); //utiliza o certificado digital
include ('xml_valida.php'); //verifica se tem erro no xml
include ('xml_enviaLote.php');
include ('xml_consultachave.php');
include ('xml_addprot.php');
include('xml_impressao.php');
Espero ter ajudado