Matheus;
Presta bem atenção ao código da classe Tools, é o método $tools->signNFe($xml) que coloca o QRCode.
Então como eu devo fazer ? (como os que não querem se dar ao trabalho de ler, perguntam)
1 - use a MakeDev para criar o XML
2 - instancie a classe Certificate, com um certificado válido
3 - instancie CORRETAMENTE a classe TOOLS com o schema correto no config e com a classe Certificate carregada
4 - estabeleça qual é a versão desejado do QRCode (hoje são duas versões possíveis a v2 ou a v3), com $tools->forceQRCodeVersion(300). E não esqueça de dizer para a classe qual é o modelo desejado $tools->model(65)
5 - use o método $tools->signNFe($xml) para assinar o documento
6 - use o método $tools->sefazEnviaLote([$xml_assinado_e_com_o_QRCODE, idLote, 1)
Entendeu !!!
Roberto