O Tópico é Antigo, mas vou responder...
1. Eu desenvolvi e homologuei ano passado pyago numa app desktop em VB. O Fato é, você precisa acessar o hardware, a saber, pinpad, equipamento responsável por realizar a leitura do cartão de débito/crédito do cliente. Nessa medida, tal equipamento, transfere os dados por meio de cabo usb ou serial. Uma aplicação WEB em PHP, teoricamente não tem acesso ao FileSystem por meio do código Back-End, obviamente, teria que utilizar JavaScript ou ActiveX, ou famoso Applet de Java, que são aplicação que rodam do lado do cliente, e que possui a capacidade de coletar tais informações. E detalhe, o Paygo, que é software intermediário entre o ESTABELECIMENTO e o BANCO do cartão do cliente, faz interface frente a o programador, por meio de arquivo textos, ou seja, vc envia uma solicitação via arquivo,.e obtém resposta,..e faz todas tratativas,.e por fim emitie o cupom fiscal no ECF..junto com comprovante. Agora com NFce, ficará mais tranquilo desenvolver WEB,., mas tem esse detalhe que esbarramos na questao do pinpad..ser acessado via WEB.
2. A Paygo, possui um serviço identico aos que são utilizados em Lojas Virtuais, como Mercado Pago, PagSeguro, chamado Gateway. O Problema, é que esse tipo de serviço, não permite o input dos dados via PINPAD. Ou seja, é um GATEWAY de pagamento...web.
http://www.ntk.com.br/solucoes/solucoesdepagamento/GATE2all.ashx, tipo AUTOATENDIMENTO,..ou AUTOSERVIÇO.., igual quando você compra um celular pela internet por exemplo...
Vou analisar melhor,.e ve uma solução.
Att