Para você receber as notas de forma QUASE automática existe o processo chamado DFe (leia a documentação da SEFAZ sobre isso)
Nesse processo para você receber o XML da NFe destinada a empresa, é necessário fazer a manifestação de destinatário.
Essa manifestação PODE por exemplo impedir que o emitente a CANCELE ou você PODE informar a SEFAZ que essa é uma operação IRREGULAR
E quanto ao PRAZO para internalizar ?
Os lançamentos contábeis fiscais das NFe seguem as regres do EFD Fiscal (outro projeto do SPED) e seu contador pode te ajudar com isso.
Mas em principio os lançamentos devem ser feitos em TEMPO REAL, recebeu a mercadoria APONTE IMEDIATAMENTE o recebimento e MANIFESTE como operação realizada.
NOTA: nem preciso dizer que a mercadoria deve ser conferida e a NFe também com relação a quantidades, preços e prazos, usualmente uma verificação física e após isso uma comparação com o PEDIDO DE COMPRA.
Roberto