最も簡単にはVAEサンプルプロジェクトを開き、EDITタブ、RuntimeネットワークのAffine_5以降をすべて削除して学習と評価を実行します。
Runtimeネットワークの最後のレイヤーの出力(この場合Affine_3)が評価結果として出力されるかと思います。
新たにVAEを学習するのではなく学習済みのネットワークについて潜在変数を出力したい場合は、
クラウド版の場合、学習結果の右クリックメニュー、Re-editからOpen in EDIT Tab with Weightを選択、
Windows版の場合、学習結果の右クリックメニューからOpen in EDIT Tab with Weightを選択し、
CONFIGタブでMax Epochを0にして学習を実行し(パラメータを更新せずモデルを保存する)、
最後に評価を実行することで同様の結果を得ることができます。