新しい生活を立ち上げられるとのこと、おめでとうございます。
私の知る限りですが、
1.先にネパールでの婚姻登録をすれば、日本は「婚姻の事実を報告」するだけで良い。
2.先に日本での婚姻登録を(複雑な手続きをクリアして)完了させても、ネパールではこれが連動されず、最初から登録手続きが必要。
2.の場合、二度手間になる。と云う事で、両国での婚姻手続きを完了させる場合1.のパターンが多くなるのだと思います。
両国とも手続きや必要書類が変化することもある得るわけで、自分たちのずっと以前の経験がそのままアドバイスできない状況です。また、みなさん婚姻手続きではいろいろと障害を乗り越えてきたはずですが、本当の苦労は結婚して「後」にやって来るため、婚姻登録の出来事は忘れてしまうと云う側面もあると思います。
ここで云うべきでもないですが、本来、日本とネパール両国で婚姻登録を完了させるのが原則と思います。
いろいろ事情があるかもしれないので、これ以上のことは書きませんが。
極論ですが、日本で、外国人のビザ・招へいを専門としている行政書士事務所に「お金を払って」相談するのが確実と思います。
幸運をお祈りしております。