Sibele,
Se "o órgão central colocou apenas a unidade central de cada estado como participante" então não seria falha do sistema.
Ao cadastrar somente a UASG da unidade central no SIASG, decorre daí que a contratação também deveria ser feita nesses termos. Não vi uma situação parecida ainda, mas penso que a subrogação possa de alguma forma ser possível sim.
Mas o que mais me preocupa na verdade é saber se o edital previu que cada UASG teria o seu respectivo contrato, ou pelo menos foi prevista a execução do objeto em todas essas localidades.
Att.,
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Ronaldo Corrêa
Coordenação de Licitações
CGU