En mi caso personal, utilizo un software comercial llamado
TextCrawler, para hacer búsquedas en archivos de programa bbj que se encuentran en formato "plano" (no tokenizados).
Este software incluye una funcionalidad "Batch commands" que permite indicar múltiples cadenas de búsquedas y su correspondiente cadena de reemplazo.
Este software tiene una versión de prueba, y luego una versión comercial con una licencia sin expiración.
Hay otros softwares similares como Batch Replacer, pero que no he probado.
Seguro otros colegas tienen más opciones que comentar.
Saludos cordiales,
Administrador MundoBBx