Merhaba,
Oncelikle eger transaction'a ihtiyac duyuyorsaniz MongoDB sizin icin uygun degildir, atomic transaction yapar sadece. Genelde kullanim sekli, transactional verileri bunu destekleyen bir db de, icerik verilerini MondoDB'de tutmaktir.
Veri yapasi tasarimina gelince, sql den nosql'e gecildiginde en sik yapilan hatalardan bir tanesi. Kullanan herkesin basina gelmistir bu gayet normal.
En basit tavsiye genelde once kullandiginiz programlama dilinde nesneleri tasarlayin daha sonra bunlari mongoDB ye aktarin seklinde. Yillarca sql de calistigimiz icin once db yi tasarlayip daha sonra bunlari objelere map etmeye calisiyorduk, bunun tam tersini yapmaniz daha verimli olacaktir.