Hola Gabriel,
Esto se trata de sólo una advertencia del módulo django_mongodb_engine, ahí están usando los Warnings en Python[0] que siempre imprimen el mensaje en la consola una sola vez, así estás sean ejecutadas "n" veces.
Posiblemente al cargar el shell de Django, se está importando algo que hace referencia al módulo .query. Es por eso que sale esa advertencia, echa un vistazo a estas líneas por si en algún punto es que tú estás haciendo la importación:
Y como dije, sólo se imprimirá esa una vez dentro de la vida del proceso por lo que no te tienes que preocupar. A menos que, por lo mismo que dice el mensaje, actualices el módulo a la versión 0.6 donde ese módulo será eliminado.
Saludos.