渡部です。
データの持ち方は、クエリのかけ方から考えるのが良いと思います。
西村さんのデータ構造だと、時間とホストを指定したクエリであれば、一つのjsonを取れば良いため、高速ですし、メモリの使い方も効率的です。
しかし、ある時間の全ホストのuserのCPU使用率を求めようとすると、複数のjsonをとる必要があり低速ですし、メモリにも無駄なデータ(user以外のcpu使用率)がたくさん乗ります。
また、MongoDBはアトミックに更新できる単位はjsonなので、アトミックに更新したい単位でjsonにする必要があると思います。
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