内部的な頂点の番号は、ビューポートオプションのShow Indicesで確認することができます。移動ツールで頂点の順番が変更されるかどうかを確認してみましたが、頂点の位置情報の変更では頂点の内部的な順番は、私の環境では変更はありませんでした。FBXに出力および再読み込みも試してみましたが、同様の結果です。ちなみに私の環境は、modo 501 SP4 (Mac OS X)版です。
「頂点を増減させない限り頂点番号が変化せずにエクスポートできる拡張子」という意味が良くわかりませんが、modoのFBX出力はモーフ情報も出力していますので、モーフツールで使用するのであれば、単独のFBXにモーフ情報ごと出力して、使用された方が確実かと思います。モーフデータはShapeデータとして下記のように出力されます。modoのFBX出力はアスキーテキストですので、テキストエディタで確認することができます。
Shape: "Morph" {
Indexes: 5,6
Vertices: 0,-34.9999990463257,0,0,-34.9999990463257,0
Normals: 0,0,0,0,0,0
}
また、modo FBXのより詳しい使用に関しては、プラグインのソースコードを参照するのが確実です。FBX出力プラグインのソースコードは、modoのSDKのサンプルコードとして提供されています。