3D Mouseの実装は、3DConnexionから提供されているSDKを使用してmodoに組み込まれていますので、設定は全てmodo側で行います。ボタンの設定に関しては、resrc/inmapdefault.cfgに設定があります。このファイルの"3DMouse"の設定をカスタマイズしてユーザーコンフィグフォルダなどに置いておけば独自のボタン設定が可能になると思います。ボタンの設定は、SP1から急遽追加された機能ですのでInput RemappingではまだUIが対応していないためテキストエディタなどを使用して手動で設定する必要があります。SpaceMouse Proは持っていないので3つめ以降のボタンは試したことがないのですが、現行機種であればたぶん動作すると思います。
<!-- 3D Mouse -->
<atom type="3DMouse">
<!-- These mappings generally respect those outlined by the 3D Connexions standard, where
some devices actually have specifically labled buttons on them, while others are
simply numbered -->
<hash type="Button" key="1">cmd attr.formPopover 3DMouseSettingsPopover</hash>
<hash type="Button" key="2">cmd viewport.fitselected</hash>
<hash type="Button" key="3">cmd view3d.projection top</hash>
<hash type="Button" key="4">cmd view3d.projection lft</hash>
<hash type="Button" key="5">cmd view3d.projection rgt</hash>
<hash type="Button" key="6">cmd view3d.projection fnt</hash>
<hash type="Button" key="7">cmd view3d.projection bot</hash>
<hash type="Button" key="8">cmd view3d.projection bck</hash>
<hash type="Button" key="9">cmd view3d.orientation ?+</hash>
<hash type="Button" key="10">cmd view3d.orientation ?-</hash>
<hash type="Button" key="11">cmd view3d.projection psp</hash>
<hash type="Button" key="12">cmd view3d.projection cam</hash>
<hash type="Button" key="13">cmd pref.value remapping.spaceballNavigation ?+</hash>
<hash type="Button" key="27">cmd @sbLockRotAxes.pl</hash>
<hash type="Button" key="28">cmd @sbLockPosAxes.pl</hash>
<hash type="Button" key="29">cmd pref.value remapping.spaceballMainAxisOnly ?+</hash>
<hash type="Button" key="30">cmd pref.value remapping.spaceballSpeedGlobal ?+0.1</hash>
<hash type="Button" key="31">cmd pref.value remapping.spaceballSpeedGlobal ?-0.1</hash>
</atom>