Problems installing migrate in a cluster

[Sergio I Tusso Gomez]

Dear Peter,

I'm trying to install migrate-3.6 (migrate_source.tar.gz) in the cluster of my university. I followed the instructions, unzip the file and run the command "./configure" in the folder src. It seems that is not working well because although it generate the "make file" I get the error:  checking for gzbuffer... no. I think it is leading to the following error when I make the command "make mpis":

znzlib.o: In function `znzgetc':
znzlib.c:(.text+0x1dc): undefined reference to `gzgetc_'
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [migrate-n-mpi] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src'
make: *** [mpis] Error 2

Here is a copy of what I get when I run both commands:

> ./configure

checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking target system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking for gmake... gmake
=======================================================================
Migrate subversion:
Hardware: unknown
System OS: linux-gnu  Linux 
System CPU: x86_64
-----------------------------------------------------------------------
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking for g++... g++
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
C-compiler:  gcc
C++-compiler:g++
CFLAGS: -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64
=======================================================================
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking for pthread_create in -lpthread... yes
checking for MPI_Init in -lmpi... no
checking for exp in -lm... yes
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking limits.h usability... yes
checking limits.h presence... yes
checking for limits.h... yes
checking for strings.h... (cached) yes
checking pthread.h usability... yes
checking pthread.h presence... yes
checking for pthread.h... yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking for size_t... yes
checking for int... yes
checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h
checking for inline... inline
checking return type of signal handlers... void
checking for strftime... yes
checking for strcspn... yes
checking for strsep... yes
checking for lgamma... yes
checking which zlib implementation to use... autodetect
checking for main in -lz... yes
checking for gzbuffer... no
configure: creating ./config.status
config.status: creating Makefile
config.status: creating conf.h
config.status: conf.h is unchanged





> make mpis





(cd ./haru ; gmake -f makefile.gcc "CC=g++" "CPP=gcc" "ARCH=" "MACOSVERSION=" "MYCPPFLAGS=-DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  ")
gmake[1]: Entering directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src/haru'
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfExceptions.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfList.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfUtils.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfStreams.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfAutoPtrObjects.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfObjects.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfContents.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfPages.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfFonts.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfXref.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfDestinations.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfOutlines.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfBorderStyle.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfAnnotations.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfDoc.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfCatalog.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfInfo.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfEncoding.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfFontDef.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfXObjects.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfFontDef_Courier.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfFontDef_Helvetica.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfFontDef_Times.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfFontDef_Symbol.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfFontDef_ZapfDingbats.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfEncoding_ISO8859.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfEncoding_KOI8.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfEncoding_MSCP.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfMbFonts.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfCMap.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfUnicodeText.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfMbFontDef_Gothic.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfMbFontDef_Mincyo.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfMbFontDef_SimHei.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfMbFontDef_SimSun.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfMbFontDef_Ming.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfMbFontDef_Batang.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfMbFontDef_Dotum.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfCMap_RKSJ.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfCMap_EUC.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfCMap_GB_EUC.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfCMap_ETen_B5.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfCMap_KSCms_UHC.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfCMap_KSC_EUC.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfPngImage.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfJpegImage.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c PdfEncrypt.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c libharuc.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c libharuc_jpfonts.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c libharuc_krfonts.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c libharuc_cnsfonts.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c libharuc_cntfonts.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c libharu_png.cc
gcc -I.  -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER    -c libharu_jpeg.cc
ar rc libharu.a PdfExceptions.o PdfList.o PdfUtils.o PdfStreams.o PdfAutoPtrObjects.o PdfObjects.o PdfContents.o PdfPages.o PdfFonts.o PdfXref.o PdfDestinations.o PdfOutlines.o PdfBorderStyle.o PdfAnnotations.o PdfDoc.o PdfCatalog.o PdfInfo.o PdfEncoding.o PdfFontDef.o PdfXObjects.o PdfFontDef_Courier.o PdfFontDef_Helvetica.o PdfFontDef_Times.o PdfFontDef_Symbol.o PdfFontDef_ZapfDingbats.o PdfEncoding_ISO8859.o PdfEncoding_KOI8.o PdfEncoding_MSCP.o PdfMbFonts.o PdfCMap.o PdfUnicodeText.o PdfMbFontDef_Gothic.o PdfMbFontDef_Mincyo.o PdfMbFontDef_SimHei.o PdfMbFontDef_SimSun.o PdfMbFontDef_Ming.o PdfMbFontDef_Batang.o PdfMbFontDef_Dotum.o PdfCMap_RKSJ.o PdfCMap_EUC.o PdfCMap_GB_EUC.o PdfCMap_ETen_B5.o PdfCMap_KSCms_UHC.o PdfCMap_KSC_EUC.o PdfPngImage.o PdfJpegImage.o PdfEncrypt.o libharuc.o libharuc_jpfonts.o libharuc_krfonts.o libharuc_cnsfonts.o libharuc_cntfonts.o libharu_png.o libharu_jpeg.o
ranlib libharu.a
gmake[1]: Leaving directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src/haru'
Using system zlib architecture
make migrate-n-mpi "CC=mpicc" "CFLAGS = -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION=\"\\\"\\\"\"  -DMIGRATEVERSION=\"\\\"3.6\\\"\"  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT" "LIBS = -Lharu -lharu -lstdc++  -lz -lm "
make[1]: Entering directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src'
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c aic.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c altivec.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c autotune.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c bayes.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c broyden.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c calculator.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c combroyden2.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c data.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c correlation.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c gammalike.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c fst.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c heating.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c histogram.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c inthp.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c joint-chains.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c laguerre.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c lrt.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c main.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c migrate_mpi.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c mutationmodel.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c mcmc1.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c mcmc2.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c menu.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c migevents.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c options.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c priors.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c profile.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c random.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c reporter.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c spline.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c tools.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c tree.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c sequence.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c sighandler.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c slice.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c sort.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c uep.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c world.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c pretty.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c skyline.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c watterson.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c znzlib.c
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT -c pretty-win32.cpp
mpicc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""  -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -DMPI -DSLOWNET -DNEWREPLICANT -DMPIREPLICANT  -o migrate-n-mpi aic.o altivec.o autotune.o bayes.o broyden.o calculator.o combroyden2.o data.o correlation.o gammalike.o fst.o heating.o histogram.o inthp.o joint-chains.o laguerre.o lrt.o main.o migrate_mpi.o mutationmodel.o mcmc1.o mcmc2.o menu.o migevents.o options.o priors.o profile.o random.o reporter.o spline.o tools.o tree.o sequence.o sighandler.o slice.o sort.o uep.o world.o pretty.o skyline.o watterson.o znzlib.o pretty-win32.o  -Lharu -lharu -lstdc++  -lz -lm  ;
znzlib.o: In function `znzgetc':
znzlib.c:(.text+0x1dc): undefined reference to `gzgetc_'
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [migrate-n-mpi] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src'
make: *** [mpis] Error 2

I've been trying different things to solve the problem but in general I always get the same. I tried also with "make" with the same result. I wondered if the problem is that I don't have root login. My original idea was to install the software in a folder inside my user section.

I would really appreciate if you could help me with this problem.

Thanks a lot in advance.

Sergio

[Peter Beerli]

Sergio:

  there are some issues with

  the compression library, because migrate fails to find all parts either from your

  system or the one supplied in the distribution. Do this:

  make clean

  cd zlib

  configure

  make

  cd ..

  make

  [this should help for most systems]

does it work?

Peter

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "migrate-support" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to migrate-suppo...@googlegroups.com.
To post to this group, send email to migrate...@googlegroups.com.
Visit this group at http://groups.google.com/group/migrate-support.
For more options, visit https://groups.google.com/groups/opt_out.

[Sergio Tusso]

Dear Peter,

Thanks a lot for your soon reply. It is quiet weird. I saw this solution in another post and I tried it. Every thing seems that work in the steps you sent me, but I get the same error when I use the command "make" after wards. Here is what I got:

$./configure

Checking for gcc...
Checking for shared library support...
Building shared library libz.so.1.2.5 with gcc.
Checking for off64_t... Yes.
Checking for fseeko... Yes.
Checking for unistd.h... Yes.
Checking whether to use vs[n]printf() or s[n]printf()... using vs[n]printf().
Checking for vsnprintf() in stdio.h... Yes.
Checking for return value of vsnprintf()... Yes.
Checking for attribute(visibility) support... Yes.

$ make

gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o example.o example.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o adler32.o adler32.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o compress.o compress.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o crc32.o crc32.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o deflate.o deflate.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzclose.o gzclose.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzlib.o gzlib.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzread.o gzread.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o gzwrite.o gzwrite.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o infback.o infback.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inffast.o inffast.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inflate.o inflate.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o inftrees.o inftrees.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o trees.o trees.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o uncompr.o uncompr.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o zutil.o zutil.c
ar rc libz.a adler32.o compress.o crc32.o deflate.o gzclose.o gzlib.o gzread.o gzwrite.o infback.o inffast.o inflate.o inftrees.o trees.o uncompr.o zutil.o
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example example.o -L. libz.a
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1   -c -o minigzip.o minigzip.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip minigzip.o -L. libz.a
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/adler32.o adler32.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/compress.o compress.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/crc32.o crc32.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/deflate.o deflate.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/gzclose.o gzclose.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/gzlib.o gzlib.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/gzread.o gzread.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/gzwrite.o gzwrite.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/infback.o infback.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/inffast.o inffast.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/inflate.o inflate.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/inftrees.o inftrees.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/trees.o trees.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/uncompr.o uncompr.c
gcc -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DPIC -c -o objs/zutil.o zutil.c
gcc -shared -Wl,-soname,libz.so.1,--version-script,zlib.map -O3 -fPIC -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o libz.so.1.2.5 adler32.lo compress.lo crc32.lo deflate.lo gzclose.lo gzlib.lo gzread.lo gzwrite.lo infback.lo inffast.lo inflate.lo inftrees.lo trees.lo uncompr.lo zutil.lo  -lc -L. libz.a
rm -f libz.so libz.so.1
ln -s libz.so.1.2.5 libz.so
ln -s libz.so.1.2.5 libz.so.1
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o examplesh example.o -L. libz.so.1.2.5
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzipsh minigzip.o -L. libz.so.1.2.5
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o example64.o example.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o example64 example64.o -L. libz.a
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -c -o minigzip64.o minigzip.c
gcc -O3 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -o minigzip64 minigzip64.o -L. libz.a

but then in the src forlder:

$make

-----------------------------------------------------
Migrate 3.6
please **read** the documentation
this Makefile will produce an executable: migrate-n
or migrate-n-mpi for the parallel version
For more Makefile options type make help
 
I am interested in getting email about any problems.
Please send all compile warning or error messages
to bee...@fsu.edu [Peter Beerli]
----------------------------------------------------
make all

make[1]: Entering directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src'

(cd ./haru ; gmake -f makefile.gcc "CC=g++" "CPP=gcc" "ARCH=" "MACOSVERSION=" "MYCPPFLAGS=-DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  ")

gmake[2]: Entering directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src/haru'

gmake[2]: Leaving directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src/haru'
Using system zlib architecture
make migrate-n "CFLAGS = -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION=\"\\\"\\\"\"  -DMIGRATEVERSION=\"\\\"3.6\\\"\"   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER " "LIBS = -Lharu -lharu -lstdc++  -lz -lm " "LDFLAGS =  -fexceptions"
make[2]: Entering directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src'
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c aic.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c altivec.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c autotune.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c bayes.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c broyden.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c calculator.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c combroyden2.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c data.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c correlation.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c gammalike.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c fst.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c heating.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c histogram.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c inthp.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c joint-chains.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c laguerre.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c lrt.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c main.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c migrate_mpi.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c mutationmodel.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c mcmc1.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c mcmc2.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c menu.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c migevents.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c options.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c priors.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c profile.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c random.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c reporter.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c spline.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c tools.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c tree.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c sequence.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c sighandler.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c slice.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c sort.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c uep.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c world.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c pretty.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c skyline.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c watterson.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c znzlib.c
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -c pretty-win32.cpp
gcc -O3  -funroll-loops -fomit-frame-pointer  -falign-loops=16  -Dx86_64    -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937   -DMIGRATESUBVERSION="\"\""  -DMIGRATEVERSION="\"3.6\""   -DNOJPEG -DNOPNG  -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER  -fexceptions -o migrate-n aic.o altivec.o autotune.o bayes.o broyden.o calculator.o combroyden2.o data.o correlation.o gammalike.o fst.o heating.o histogram.o inthp.o joint-chains.o laguerre.o lrt.o main.o migrate_mpi.o mutationmodel.o mcmc1.o mcmc2.o menu.o migevents.o options.o priors.o profile.o random.o reporter.o spline.o tools.o tree.o sequence.o sighandler.o slice.o sort.o uep.o world.o pretty.o skyline.o watterson.o znzlib.o pretty-win32.o  -Lharu -lharu -lstdc++  -lz -lm  ;

znzlib.o: In function `znzgetc':
znzlib.c:(.text+0x1dc): undefined reference to `gzgetc_'
collect2: ld returned 1 exit status

make[2]: *** [migrate-n] Error 1
make[2]: Leaving directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src'
make[1]: *** [all] Error 2

make[1]: Leaving directory `/home/stusso/bin/migrate/migrate-3.6/src'

make: *** [intro] Error 2

Thanks a lot for your help again.

Sergio

--

Sergio Tusso Gómez
Biólogo
Grupo de Biodiversidad y Recursos Genéticos

Instituto de Genética

Universidad Nacional de Colombia

[Peter Beerli]

second try:

run this

make clean

configure --with-zlib=shipped

make

if this still fails, redo the make clean and configure in the zlib directory

and if this fails try to do 

make clean 

configure --with-zlib=system

make

the last one is probably the one you execute now, but one never knows, I believe that the first version should work

Peter

[Sergio]

HEE¡¡ Yes, the first one works.

Can I use the same command, but with "make mpis"?

Thanks¡¡

[Peter Beerli]

yes, :-)

[it seems that your system zlib is incomplete or out of data ]

Peter

[Sergio Tusso]

Thanks Peter, yes, it is true, however I don't have so much permission in the cluster to fix it.

It is working now which is the important. :)

Regards,

Sergio