デバッグした結果、Audioドライバが割込み発生しなくなったことから、現象が発生しているようです。
この現象について、色々検索すると類似するケースがありました。
■http://support.microsoft.com/kb/912200/en-us
■http://www.microsoft.com/communities/newsgroups/en-us/default.aspx?dg=microsoft.public.windowsce.platbuilder&tid=576fb6cc-9747-40c4-a8e3-9c2943ef901b&cat=en_US_a5828038-e64c-40cb-9706-6a58b4061a14&lang=en&cr=US&sloc=en-us&m=1&p=1