受信側の設定です。メッセージルールで何か設定していませんか。また、Outlook2003だとツール→整理を開くと色をつける設定があります。
-- TAKAHASHI Hisanori
Outlook 2003 の場合であれば、下記の文書で示されている設定がなされていないか確認してみてください。
差出人ごとにメッセージを色分けして表示するにはhttp://support.microsoft.com/kb/881830/ja