以下の要領で確認してみたら、VLOOKUPによる漢字検索はコード番号で行っているようで、うまくいきましたよ。
変換1 ←入力1 変換2 ←入力2 検索2
吾 あ 絵 かい え
射 い 御 ぎょ お
有 う 吾 ご あ
絵 え 射 しゃ い
御 お 有 ゆう う
↑等幅フォントで見てください(notepadに貼り付けると良い)
excelで、ひらがな入力1で変換1に漢字変換する。
ひらがな入力2で変換2に漢字漢字変換する。
検索2で、vlookup関数で変換2に対応する入力1の振り仮名を探す。
vlookup(変換2,"変換1 ←入力1",2,false)
これで正しく振られました。
なお、「並べ替え」のデフォルトは、変換前のひらがな入力順です…ふり仮名が保存されているため。
並べ替えのオプションで、ふり仮名を使う/使わない設定があり、後者では漢字コードで並べ替えられます。