Supported formats in MicrobeJ to analyze bacteria und fluorescent signals

[Kaddox]

Hi,
ich nehme meine Phasenkontrast und Fluoreszenzbilder mit Zen auf und speicher sie als .czi Datei ab und öffne sie dann in ImageJ. Beim Öffnen ist mir schon aufgefallen, dass die Fluoreszenzsignale viel schwächer sind als in der Zen-Software. Wenn ich die Bilder statt .czi als .png oder .tif abspeichere, dann vermindert sich die Qualität der Bilder nicht, aber ich kann sie nicht mehr in MicrobeJ auswerten. Hat zufällig jemand ein Lösungsvorschlag?

[Kaddox]

Hi,
I take my phase contrast and fluorescence images with Zen and save them as .czi files and then open them in ImageJ. When opening them, I have already noticed that the fluorescence signals are much weaker than in the Zen software. If I save the images as .png or .tif instead of .czi, the quality of the images does not deteriorate, but I can no longer analyse them in MicrobeJ. Does anyone happen to have a solution?

[Jessica Panchaud]

I always use my original .nd2 files when I'm quantifying. I don't think you can use .png but I thought .tif would work. Once you're in imageJ, you can bump up the brightness of your fluorescence but make sure it is consistent across ALL samples.