MetaTrans y análisis shotgun
Miquel Lledós de Benito
Buenas tardes,
Escribo desde el grupo de Farmacogenómica y Genética vascular del IR Sant Pau, dirigido por Israel Fernández. Recientemente, hemos recibido datos de metagenómica shotgun de pacientes con ictus y estamos empezando con el análisis, sin experiencia previa en
este tipo de análisis.
Habíamos pensado en usar MetaTrans, la herramienta que habéis desarrollado y que descubrimos en la presentación de la tesis de Xavier Martínez, pero el enlace de "databases" del apartado Download no funciona. Así pues, nos gustaría preguntaros si actualmente estáis usando esta herramienta o si utilizais otras y nos podríais decir cuales, ya que hemos probado el primero QC con KneadData pero una sola muestra nos tarda alrededor de 7 horas en este primer paso.