Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad
26 de julio - 6 de agosto, 2010, 9 a 17hs.
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires
Docente responsable: Martín Ramírez (investigador
independiente, CONICET. Profesor adjunto, EGE FCEyN-UBA).
Profesor invitado: Renato Mazzanti (profesor
adjunto, Universidad Nacional de la Patagonia).
Carga horaria: 60 horas
Modalidad: Teórico-práctico con examen final
Pre-Inscripción: Hasta el 15 de julio de 2010,
enviar un e-mail a Martín Ramírez <
ram...@macn.gov.ar> incluyendo:
CV, cargo actual, lugar de trabajo y tema de
estudio. Carta de intención explicando cómo
piensa aplicar los conocimientos adquiridos en el curso.
Cupo máximo: 30
alumnos (prioridad: doctorandos
UBA; de otras universidades con proyectos de
tesis afines a los contenidos del curso)
Arancel: $80
Programa
Contenidos teóricos y metodológicos
Introducción general
Tipos de datos de biodiversidad: Taxonómicos,
geográficos, ambientales, cronológicos, anatómicos, desarrollo, parentescos.
Origen de datos de biodiversidad: Colecciones
biológicas, observaciones, multimedia.
Datos y metadatos. Especificaciones utilizadas en
biodiversidad y disciplinas relacionadas.
Introducción a las bases de datos
Concepto de normalización e integridad
referencial. El modelo entidad-relación.
Bases relacionales vs. bases orientadas a objetos, estado del arte.
Las bases de datos heterogéneas distribuidas, su aplicación a la biodiversidad.
Repositorios de datos.
Introducción a los metadatos
Datos y metadatos.
Especificaciones utilizadas en
biodiversidad y disciplinas relacionadas.
Darwin Core: Versiones e implementaciones.
Metadatos de conjuntos de datos
Catálogos de metadatos de recursos de biodiversidad.
Metadatos de ubicación geoespacial
Método punto-radio.
Protocolos de georreferenciación.
Metadatos de imágenes biológicas
Metadatos embebidos.
Vistas estandarizadas.
Repositorios.
Digitalización de ejemplares mediante imágenes.
Datos taxonómicos
Catálogos de autoridad taxonómica.
Agregadores de datos taxonómicos.
Estimas de diversidad con taxonomía incompleta.
Identificadores únicos
Importancia y problemas de identificadores únicos.
URIs, LSIDs.
Ontologías biológicas
Conceptos, relaciones y razonamientos automáticos.
Web semántica, repositorios RDF.
Anotaciones utilizando ontologías.
Herramientas de adquisición de datos de colecciones biológicas
Funciones y
problemática general.
Modelos de datos usuales.
Proveedores de datos
Función y tecnología empleada.
Proveedores TAPIR, IPT
Portales de datos
Función y tecnología empleada.
Portales de iniciativas de biodiversidad.
Aplicaciones de datos de biodiversidad
Cybertaxonomía.
Identificación taxonómica automática: DNA
Barcodes y sistemas basados en imágenes.
Modelado de distribuciones predictivas.
Áreas de endemismo.
Inventarios y estimas de riqueza.
Trabajos prácticos
Búsquedas y procesamiento de datos de portales: GBIF, SNDB, BOLD, Morphbank.
Consultas en bases de datos relacionales.
Mapeo de campos de colecciones biológicas a Darwin Core.
Validación de colecciones de datos. Problemas
generales, métodos manuales y automáticos.
Georreferenciación de localidades geográficas.
Uso de servicios web.
Martin J. Ramirez
Profesor Adjunto UBA FCEyN
EGE
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel
+54 11 4982-8370 int. 169fax
+54 11 4982-6670 int. 172<
ram...@macn.gov.ar>
