problema con redirecciones .htaccess

[Agus]

Hola tengo un problema que no se solucionar o si tiene solución ( supongo y espero que si) el caso es que por más vueltas que le he dado no consigo solucionarlo.

Estoy migrando la web a otro servidor y por seguridad voy a poner que los scripts php en Apache en lugar de con mod_php que funcionen con fcgid

Con mod_php todo funciona correctamente pero al cambiar a fcgid, las redirecciones de .htaccess  no funcionan  me devulve "No input file specified." (desde chrome)

mi .htacces tiene lo siguiente:

RewriteEngine On

RewriteRule ^story/(.+)$ /story.php/$1  [L,NS]

RewriteRule ^c/(.+)$ /comment.php/$1  [L,NS]

RewriteRule ^search(/.*)$ /search.php$1 [L,NS,NE,PT]

RewriteRule ^user/(.+)$ /user.php/$1  [L,NS]

RewriteRule ^notame(/.*)$ /sneakme/index.php$1 [L,NS]

RewriteRule ^sitemap\.xml(.*)$ /sitemap.php/$1  [L,NS]

Gracias a todos

Agus