Tendo uma carga horária de 496 horas, o curso está estruturado em quatro módulos, que cobrem os eixos temáticos: avaliação crítica da evidência, síntese da evidência, economia da saúde e avaliação econômica em saúde.
O curso tem dois grandes pilares: efetividade comparativa e modelagem econômica em saúde – com grande ênfase na parte computacional.