You can have the RaspBerryPi listen on a ip socket (connected via WiFi) and then proxy that information to the Pixhawk
You can use a GCS like QGC or APM Planner 2.0 to connect to the Raspberry Pi
ie PHRaspPiGround Control Station
You could even just connected a WiFI dongle to the Pixhawk (see http://www.ebay.com/itm/Wireless-Wifi-Telemetry-Module-with-Antenna-for-Pixhawk-APM-Flight-Control-CC3D/251978180205 for example)
PHGCS
They are all talking using the MAVLink protocol http://mavlink.org
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socat -d -d UDP-LISTEN:14550 /dev/ttyAMA0,raw,echo=0,crnl