Personalmente, me gustan los applets de java,
PHP, por la facilidad de programar.
Java posee potentes librerias, por lo que si tu sistema es "grande",
seria talves mas facil programar en java (ojo; uno mismo puede crear,
implementar o adecuar sus librearias para PHP).
Por lo de codigo Libre, en ambos no hay problema.
Ahora si comparamos PHP con JSP en factor COSTO, vemos q PHP se lo
lleva de encuentro.
PHP y JSP en seguridad... mm ya depende del programador.
PHP y JSP en velocidad...tambien depende del programador, aunke PHP
tiende a ser mas rapido.
Es solo una apreciacion.
Saludos.