ségrégation RIL

[valerie...@florimond-desprez.fr]

Bonjour

J'utilise Mapdisto sur 4 pop F5 et F6 de triticale et une pop F5 de blé dur, les parents des croisements initiaux sont plus ou moins hétérozygotes.

Les marqueurs sont des SNP (codominant ABH) et des DArT silico (dominant AC ou BD). J'ai testé les types de populations SSD et IRIL5 ou IRIL6.

1. Si je conserve tous les marqueurs, un seul groupe se forme, quelque soit les LOD et Rmax choisis !
2. En ne conservant que les marqueurs qui ségrègent correctement selon mes calculs,  j’obtiens plusieurs groupes mais plusieurs questions se posent :

Pourquoi les ségrégations retenues pour le chi2 sont 1 :1, 3 :1 ou 1 :3 qu’ elle que soit la population considérée ? En RIL F5 ou F6 on est loin de ces valeurs ?

Est ce que l’on peut considérer que les groupes formés pour les SNP sont corrects alors que le ségrégations calculées ne correspondent pas à des RIL ?

 

Le chi2 de ségrégation dit que tout les DArT silico sont très distordus (pas étonnant puisque les ségrégations calculées ne correspondent pas à des RIL) .

Les SNP se répartissent bien dans différents groupes mais tous les silico DArT sont placés tous dans le même gros groupe !

Si je traite les silico DArT indépendamment des SNP; j’obtiens pour les silico DArT 2 gros groupes : un avec les marqueurs qui ségrègent AC et un autre avec ceux qui ségrègent BD.

 

Je suis preneuse de toute interprétation possible.

 

Merci d'avance

 

Amicalement

 

Valérie