Problème import images Mamba3D

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Mathieu DORAY

unread,

Mar 16, 2015, 12:53:22 PM3/16/15

to mamba...@googlegroups.com

Bonjour,

Après avoir suivi la formation Morphomathématiques à l'Ecole des Mines
en novembre dernier, j'essaye d'appliquer les méthodes sur mes images 3D
de bancs de poissons détectés par acoustique sous marine.
Mon (modeste) objectif est de calculer dans un premier temps le rayon
géodésique d'images de bancs 3D que j'ai extrait de mes données avec un
algorithme ad-hoc, pour estimer et comparer leur allongement.
Je suis en train de tester Mamba pour cela, mais je n'arrive pas à
importer les images 3D des tutoriels.

Après avoir chargé Mamba3D, je lance la commande

im3D=image3DMb('foot')

pour charger l'exemple de la doc, mais j'obtiens un message d'erreur :

"Traceback (most recent call last):

File "<ipython-input-9-ea6ce8d76a0b>", line 1, in <module>
im3D=image3DMb('foot')

File "C:\Anaconda\lib\site-packages\mamba3D\base3D.py", line 36, in
__init__
mambaComposed.sequenceMb.__init__(self, *args, **kwargs)

File
"C:\Anaconda\lib\site-packages\mambaIm\mambaComposed\sequence.py", line
89, in __init__
self.load(args[0], rgbfilter=self.rgbfilter)

File
"C:\Anaconda\lib\site-packages\mambaIm\mambaComposed\sequence.py", line
183, in load
im = mamba.imageMb(files_dict[files_keys[0]], self.depth,
rgbfilter=rgbfilter)

IndexError: list index out of range"

J'utilise Python 2.7 32 bits et ai installé les packages sans problème.

Merci

--
Mathieu Doray, PhD

Ifremer
Unité Ecologie et Modèles pour l'Halieutique
rue de l'Ile d'Yeu
B.P. 21105
44311 Nantes Cedex 03
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Serge Beucher

unread,

Mar 16, 2015, 5:32:12 PM3/16/15

to mamba...@googlegroups.com, mathie...@ifremer.fr, Nicolas Beucher

Bonsoir,

Si le fichier image que vous utilisez est foot.raw.gz, il est normal que vous obteniez une erreur car cette image ne peut pas être chargée directement avec image3DMb. En effet, il s'agit d'une image au format raw compressée avec Gzip. image3DMb ne peut charger que des images 3D stockées dans un répertoire sous forme d'une série d'images 2D (voir la doc pour de plus amples détails). Pour charger cette image, il faut utiliser la méthode loadRaw (voir l'exemple correspondant sur le site web de Mamba, http://www.image-mamba.org/examples.html), de cette façon:

im3D = image3DMb()
im3D.loadRaw("foot.raw.gz")

La méthode loadRaw utilise le module python zlib (installé par Pillow) pour décompresser le fichier pendant sa lecture.

De façon générale, le chargement des images 3D n'est pas évidente car il n'existe pas de format standard pour de telles images (le format raw est sans doute le plus général). C'est pourquoi il est conseillé de stocker ces images sous forme d'une suite de sections 2D indexées dans un même répertoire.

Cordialement,

Serge Beucher

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Nicolas Beucher

unread,

Mar 17, 2015, 2:45:23 PM3/17/15

to mamba...@googlegroups.com, mathie...@ifremer.fr, nicolas...@gmail.com

Bonsoir,

La méthode loadRaw ne procède à aucune décompression (pas d'utilisation de zlib ou autre) de données et permet seulement de charger une image avec des données brutes contenues dans un fichier ou passées directement (ce qui permet de se charger de la décompression dans une autre partie du code si besoin). loadRaw échouera si la taille des données n'est pas celle souhaitée et ne fait pas de padding ou cropping comme pourrait le faire load.

Cordialement.

Nicolas beucher.

Serge Beucher

unread,

Mar 19, 2015, 10:43:35 AM3/19/15

to Mathieu DORAY, Nicolas Beucher, mamba...@googlegroups.com

Bonjour,

Dont acte concernant la compression .gz (après la mise au point de Nicolas)! J'ai fait un en-avant en affirmant que cela était possible car je croyais que le fichier foot.raw.gz que j'utilisais était compressé, ce qui n'était pas le cas...

Pour répondre (brièvement) à votre question, l'opérateur geodesicDistance n'est pas utilisable directement car:

- c'est un opérateur qui n'est défini qu'en 2D.

- c'est un opérateur qui calcule la distance géodésique d'un ensemble Y inclus dans un espace géodésique X.

Ce que vous cherchez à obtenir, sauf erreur, est le centre géodésique de votre banc puis les extrémités afin d'en déterminer l'élongation. Vous pouvez avoir une idée sur la façon de procéder (en 2D) en consultant l'exemple intitulé "extremities of particles" sur la page web de Mamba. Le centre géodésique n'étant pas simple à obtenir (il existe un algorithme présenté dans le papier de Lantuejoul et Maisonneuve, mais il n'est pas implémenté dans Mamba et pas simple à étendre en 3D...), on use d'un artifice en utilisant l'opérateur thinD qui fournit un "centroïde" généralement pas trop éloigné du centre géodésique. On utilise alors ce point pout construire (à l'aide de geodesicDistance) une fonction distance géodésique de ce centroïde aux autres points de l'ensemble. Les maxima de cette fonction correspondent aux extrémités de l'ensemble. Malheureusement, l'opérateur thinD n'existe pas en 3D (trop compliqué et pas sûr que ses propriétés soient identiques à l'opérateur 2D).

Vous indiquez dans votre dernier message que vos images sont en fait les enveloppes convexes 3D du banc. Dans ce cas, vos ensembles étant convexes, je vous suggère d'utiliser une approche simplifiée basée par exemple sur des projections 2D de votre ensemble 3D.

Cordialement,

Serge Beucher

Le 17 mars 2015 18:17, Mathieu DORAY <Mathie...@ifremer.fr> a écrit :

re,

Le 17/03/2015 16:18, Serge Beucher a écrit :

Bonjour,

Il semble en effet y avoir un problème. J'ai en effet constaté que la
taille du fichier foot.raw.gz que j'utilise ne correspond pas à celle du
fichier récupéré sur le site du Liris. Ce dernier est bien compressé
avec gz (il fait environ 4,4M). Le mien fait 16M, ce qui signifie qu'il
n'est pas compressé et donc qu'il y a un problème avec la décompression
"on the fly" avec loadRaw. Je vais regarder où est le problème. En
attendant, vous pouvez décompresser le fichier foot.raw.gz (avec winrar
ou tout autre décompresseur) et utiliser le fichier foot.raw obtenu (qui
devrait faire 16M) avec l'instruction loadRaw('foot.raw'). Dites-moi si
cela résoud (provisoirement) le problème
Merci d'avoir signalé ce problème.

ça marche en chargeant le fichier décompressé avec loadRaw('foot.raw'), merci.

Mon objectif est de caractériser des images de bancs de poissons 3D obtenus par acoustique sous marine.

J'ai extrait des images 3D de bancs de poissons au moyen d'un algorithme maison basé sur des règles de contiguité spatiale des échantillons. Cet algorithme fournit la forme de l'enveloppe 3D du banc, sa densité interne, et des descripteurs globaux de la morphologie, de la position et de la densité des bancs (longueur et largeur max, volume...).
Je voudrait calculer en plus le rayon géodésique de chaque banc, pour évaluer de façon objective son élongation (avec la formule de Lantuejouls et Maisonneuve, 1983), car je pense que l'élongation (géodésique) pourrait être une variable très discriminante pour classifier ensuite les bancs.

Puis je utiliser la fonction geodesicDistance sur l'image 3D d'un banc pour calculer son rayon géodésique comme le maximum des distances géodésiques?

Merci et bonne soirée,

Cordialement,

Mathieu Doray

Cordialement,

Serge Beucher.

Le 17 mars 2015 12:20, Mathieu DORAY <Mathie...@ifremer.fr
<mailto:Mathieu.Doray@ifremer.fr>> a écrit :

Bonjour,

et merci de votre réponse rapide.

J'ai vérifié que tout les packages étaient bien installés (Pillow,
zlib...).

Mais quand je lance

"> im3D = image3DMb()
> im3D.loadRaw("foot.raw.gz")"

j'obtiens :

"Traceback (most recent call last):

File "<ipython-input-3-__106886d178ba>", line 2, in <module>
im3D.loadRaw("foot.raw.gz")

File "C:\Anaconda\lib\site-__packages\mamba3D\base3D.py", line
94, in loadRaw
assert(len(data)==im_size*__self.length)

AssertionError"

J'ai testé sous windows et linux et obtiens le même message.

Cordialement,

Mathieu Doray

Le 16/03/2015 22:32, Serge Beucher a écrit :

Bonsoir,

Si le fichier image que vous utilisez est foot.raw.gz, il est
normal que
vous obteniez une erreur car cette image ne peut pas être chargée
directement avec image3DMb. En effet, il s'agit d'une image au
format
raw compressée avec Gzip. image3DMb ne peut charger que des
images 3D
stockées dans un répertoire sous forme d'une série d'images 2D
(voir la
doc pour de plus amples détails). Pour charger cette image, il faut
utiliser la méthode loadRaw (voir l'exemple correspondant sur le
site

web de Mamba, http://www.image-mamba.org/__examples.html
<http://www.image-mamba.org/examples.html>), de cette façon:

im3D = image3DMb()
im3D.loadRaw("foot.raw.gz")

La méthode loadRaw utilise le module python zlib (installé par
Pillow)
pour décompresser le fichier pendant sa lecture.

De façon générale, le chargement des images 3D n'est pas
évidente car il
n'existe pas de format standard pour de telles images (le format
raw est
sans doute le plus général). C'est pourquoi il est conseillé de
stocker
ces images sous forme d'une suite de sections 2D indexées dans
un même
répertoire.

Cordialement,

Serge Beucher

Le 16 mars 2015 17:52, Mathieu DORAY <Mathie...@ifremer.fr

<mailto:Mathieu.Doray@ifremer.fr>
<mailto:Mathieu.Doray@ifremer.__fr
<mailto:Mathieu.Doray@ifremer.fr>>> a écrit :

Bonjour,

Après avoir suivi la formation Morphomathématiques à
l'Ecole des
Mines en novembre dernier, j'essaye d'appliquer les
méthodes sur mes
images 3D de bancs de poissons détectés par acoustique sous
marine.
Mon (modeste) objectif est de calculer dans un premier temps le
rayon géodésique d'images de bancs 3D que j'ai extrait de mes
données avec un algorithme ad-hoc, pour estimer et comparer
leur
allongement.
Je suis en train de tester Mamba pour cela, mais je
n'arrive pas à
importer les images 3D des tutoriels.

Après avoir chargé Mamba3D, je lance la commande

im3D=image3DMb('foot')

pour charger l'exemple de la doc, mais j'obtiens un message
d'erreur :

"Traceback (most recent call last):

File "<ipython-input-9-____ea6ce8d76a0b>", line 1, in

<module>
im3D=image3DMb('foot')

File

"C:\Anaconda\lib\site-____packages\mamba3D\base3D.py", line
36, in __init__
mambaComposed.sequenceMb.______init__(self, *args,
**kwargs)

File

"C:\Anaconda\lib\site-____packages\mambaIm\____mambaComposed\sequence.py",

line 89, in __init__
self.load(args[0], rgbfilter=self.rgbfilter)

File

"C:\Anaconda\lib\site-____packages\mambaIm\____mambaComposed\sequence.py",
line 183, in load
im = mamba.imageMb(files_dict[____files_keys[0]],

self.depth,
rgbfilter=rgbfilter)

IndexError: list index out of range"

J'utilise Python 2.7 32 bits et ai installé les packages
sans problème.

Merci

--
Mathieu Doray, PhD

Ifremer
Unité Ecologie et Modèles pour l'Halieutique
rue de l'Ile d'Yeu
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Mathieu DORAY

unread,

Mar 23, 2015, 12:38:38 PM3/23/15

to Serge Beucher, Nicolas Beucher, mamba...@googlegroups.com

Bonjour,

Merci pour ces précisions, je vais explorer la piste de la projection
des enveloppes convexes.

Bien cordialement,

Mathieu Doray

Le 19/03/2015 15:43, Serge Beucher a écrit :
> Bonjour,
>

> <mailto:Mathie...@ifremer.fr>> a écrit :

> <mailto:Mathie...@ifremer.fr>
> <mailto:Mathieu.Doray@ifremer.__fr
> <mailto:Mathie...@ifremer.fr>>> a écrit :

>
> Bonjour,
>
> et merci de votre réponse rapide.
>
> J'ai vérifié que tout les packages étaient bien installés
> (Pillow,
> zlib...).
>
> Mais quand je lance
>
> "> im3D = image3DMb()
> > im3D.loadRaw("foot.raw.gz")"
>
> j'obtiens :
>
> "Traceback (most recent call last):
>

> File "<ipython-input-3-____106886d178ba>", line 2, in

> <module>
> im3D.loadRaw("foot.raw.gz")
>
> File

> "C:\Anaconda\lib\site-____packages\mamba3D\base3D.py", line

> 94, in loadRaw
> assert(len(data)==im_size*____self.length)

> http://www.image-mamba.org/____examples.html
> <http://www.image-mamba.org/__examples.html>

> <http://www.image-mamba.org/__examples.html
> <http://www.image-mamba.org/examples.html>>), de cette façon:
>
> im3D = image3DMb()
> im3D.loadRaw("foot.raw.gz")
>
> La méthode loadRaw utilise le module python zlib
> (installé par
> Pillow)
> pour décompresser le fichier pendant sa lecture.
>
> De façon générale, le chargement des images 3D n'est pas
> évidente car il
> n'existe pas de format standard pour de telles images
> (le format
> raw est
> sans doute le plus général). C'est pourquoi il est
> conseillé de
> stocker
> ces images sous forme d'une suite de sections 2D
> indexées dans
> un même
> répertoire.
>
> Cordialement,
>
> Serge Beucher
>
> Le 16 mars 2015 17:52, Mathieu DORAY

> <Mathie...@ifremer.fr <mailto:Mathie...@ifremer.fr>
> <mailto:Mathieu.Doray@ifremer.__fr
> <mailto:Mathie...@ifremer.fr>>
> <mailto:Mathieu.Doray@ifremer.
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> <mailto:Mathieu.Doray@ifremer.__fr
> <mailto:Mathie...@ifremer.fr>>>> a écrit :

> File "<ipython-input-9-______ea6ce8d76a0b>",

> line 1, in
> <module>
> im3D=image3DMb('foot')
>
> File
>

> "C:\Anaconda\lib\site-______packages\mamba3D\base3D.py", line
> 36, in __init__
> mambaComposed.sequenceMb.________init__(self,
> *args,
> **kwargs)
>
> File
>
>
> "C:\Anaconda\lib\site-______packages\mambaIm\______mambaComposed\sequence.py",

> line 89, in __init__
> self.load(args[0], rgbfilter=self.rgbfilter)
>
> File
>
>

> "C:\Anaconda\lib\site-______packages\mambaIm\______mambaComposed\sequence.py",

> line 183, in load
> im =

> mamba.imageMb(files_dict[______files_keys[0]],

> self.depth,
> rgbfilter=rgbfilter)
>
> IndexError: list index out of range"
>
> J'utilise Python 2.7 32 bits et ai installé les
> packages
> sans problème.
>
> Merci
>
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Mathieu DORAY

unread,

Apr 23, 2015, 12:06:00 PM4/23/15

to Serge Beucher, Nicolas Beucher, mamba...@googlegroups.com

Bonjour,

J'ai projeté mes bancs de poisson 3D en 2D dans le plan où ils
présentent le plus d'inertie, ie. le plan factoriel issu d'une ACP sur
leurs coordonnées 3D référencées au barycentre du banc.
J'ai ensuite réussi à calculer des distances géodésiques au sein des
bancs à partir du code de l'exemple M14 de mamba.

J'ai essayé sur une forme simple, un disque, afin de valider que les
distances calculées étaient correctes, en comparant le rayon théorique
du disque avec la distance géodésique maximale.
Bizarrement, la distance géodésique maximale est toujours supérieure au
rayon théorique du disque.
J'ai essayé avec la distance euclidienne (avec la fonction
computeDistance), mais celle-ci est toujours inférieure au rayon
théorique du disque.

Je joins un script qui illustre le problème.

Merci de votre aide,

Cordialement,

Mathieu Doray

Le 19/03/2015 15:43, Serge Beucher a écrit :
> Bonjour,
>

> <mailto:Mathie...@ifremer.fr>> a écrit :

> <mailto:Mathie...@ifremer.fr>
> <mailto:Mathieu.Doray@ifremer.__fr
> <mailto:Mathie...@ifremer.fr>>> a écrit :

> File "<ipython-input-3-____106886d178ba>", line 2, in

> <module>
> im3D.loadRaw("foot.raw.gz")
>
> File

> "C:\Anaconda\lib\site-____packages\mamba3D\base3D.py", line

> 94, in loadRaw
> assert(len(data)==im_size*____self.length)

> http://www.image-mamba.org/____examples.html
> <http://www.image-mamba.org/__examples.html>

> <mailto:Mathie...@ifremer.fr>>>> a écrit :

> File "<ipython-input-9-______ea6ce8d76a0b>",

> line 1, in
> <module>
> im3D=image3DMb('foot')
>
> File
>

> line 89, in __init__
> self.load(args[0], rgbfilter=self.rgbfilter)
>
> File
>
>

> "C:\Anaconda\lib\site-______packages\mambaIm\______mambaComposed\sequence.py",

> line 183, in load
> im =

> mamba.imageMb(files_dict[______files_keys[0]],

> <mailto:mathie...@ifremer.fr>>>

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> mathie...@ifremer.fr <mailto:mathie...@ifremer.fr>
> <mailto:mathieu.doray@ifremer.__fr
> <mailto:mathie...@ifremer.fr>>

> Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65
> Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01
>

> CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/____17093/
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>
>
>
> --

> Mathieu Doray, PhD
>
> Ifremer
> Unité Ecologie et Modèles pour l'Halieutique
> rue de l'Ile d'Yeu
> B.P. 21105
> 44311 Nantes Cedex 03

> mathie...@ifremer.fr <mailto:mathie...@ifremer.fr>

distancesComputations.py

Nicolas Beucher

unread,

Apr 24, 2015, 1:22:43 PM4/24/15

to Mathieu DORAY, Serge Beucher, mamba...@googlegroups.com

Bonjour,

La différence s'explique par le fait que mamba travaille par défaut sur une trame hexagonale. Les calculs de distance sont fait dans cette trame. La trame carré ne resoudra pas le problème car dans cette trame la distance entre un pixel et son voisin d'angle (x+/-1,y+/-1) est de 1 et non de racine de 2.

Cordialement,

Nicolas Beucher.

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