[maker-devel] Error with maker_functional_gff

[Ole Kristian Tørresen]

Hi,

I'm trying to update my annotation with some functional annotations with maker_functional_gff, but get this annoying error:

Can't use string ("") as a HASH ref while "strict refs" in use at /cluster/software/VERSIONS/maker-2.31.8/bin/maker_functional_gff line 58, <$IN> line 108947.

Line 108947 in the input gff is this:

LG08    maker   gene    13786695        13806565        .       -       .       ID=GAMO_00029233;Name=GAMO_00029233;Alias=maker-LG08-snap-gene-46.343;

It seems like the regexp in line 55 in the maker_functional_gff script doesn't pick up the ID, but I can't see any difference between that line and other similar lines. 

Any help to trace down this is really appreciated. Do you need any other information?

Thank you.

Sincerely,

Ole Kristian Tørresen

[Daniel Ence]

Hi Ole, can you send a line for a gene feature that does work? 

Daniel Ence
Graduate Student
Eccles Institute of Human Genetics
University of Utah
15 North 2030 East, Room 2100
Salt Lake City, UT 84112-5330

_______________________________________________
maker-devel mailing list
maker...@box290.bluehost.com
http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org

[Carson Holt]

I’ve seen this exact same error before (https://groups.google.com/forum/#!searchin/maker-devel/$2Fmaker_functional_gff$20line$2058/maker-devel/cBuQMKTJj2M/aXGnARZ7JhsJ).

It is caused by the ID from the blast report and input protein fasta. maker_functional_gff is not a generic script that can work on any input, it only works on blast results against Uniprot/Swiss-prot.  The script is expecting a very specific header format in both the report and the protein fasta and if it doesn’t see it, then it is missing certain pieces of needed information.

Thanks,

Carson

[Ole Kristian Tørresen]

Daniel,
this is the previous gene, before maker_functional_gff:
LG08    maker   gene    13648888        13656687        .       -       .       ID=GAMO_00029212;Name=GAMO_00029212;Alias=maker-LG08-snap-gene-46.325;
LG08    maker   mRNA    13648888        13656687        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA;Parent=GAMO_00029212;Name=GAMO_00029212-RA;Alias=maker-LG08-snap-gene-46.325-mRNA-1;_AED=0.45;_QI=0|0.83|0.84|1|0.5|0.61|13|1843|351;_eAED=0.45;
LG08    maker   exon    13648888        13648944        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9363;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13649295        13649577        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9362;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13649816        13651468        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9361;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13651736        13651789        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9360;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13652270        13652365        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9359;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13652643        13652730        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9358;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13653175        13653212        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9357;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13653587        13653641        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9356;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13653764        13653817        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9355;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13653910        13653974        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9354;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13654085        13654164        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9353;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13654474        13654828        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9352;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13656667        13656687        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9351;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13656667        13656687        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13654474        13654828        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13654085        13654164        .       -       2       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13653910        13653974        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13653764        13653817        .       -       1       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13653587        13653641        .       -       1       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13653175        13653212        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13652643        13652730        .       -       1       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13652270        13652365        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13651736        13651789        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13651319        13651468        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   three_prime_UTR 13649816        13651318        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:three_prime_utr;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   three_prime_UTR 13649295        13649577        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:three_prime_utr;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   three_prime_UTR 13648888        13648944        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:three_prime_utr;Parent=GAMO_00029212-RA;

LG08    maker   gene    13786695        13806565        .       -       .       ID=GAMO_00029233;Name=GAMO_00029233;Alias=maker-LG08-snap-gene-46.343;

LG08    maker   mRNA    13786695        13806565        .       -       .       ID=GAMO_00029233-RA;Parent=GAMO_00029233;Name=GAMO_00029233-RA;Alias=maker-LG08-snap-gene-46.343-mRNA-1;_AED=0.47;_QI=173|0.78|0.66|1|0.21|0.26|15|0|301;_eAED=0.47;

After :
LG08    maker   gene    13648888        13656687        .       -       .       ID=GAMO_00029212;Name=GAMO_00029212;Alias=maker-LG08-snap-gene-46.325;Note=Similar to Tmbim1: Protein lifeguard 3 (Mus musculus);
LG08    maker   mRNA    13648888        13656687        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA;Parent=GAMO_00029212;Name=GAMO_00029212-RA;Alias=maker-LG08-snap-gene-46.325-mRNA-1;_AED=0.45;_QI=0|0.83|0.84|1|0.5|0.61|13|1843|351;_eAED=0.45;Note=Similar to Tmbim1: Protein lifeguard 3 (Mus musculus);
LG08    maker   exon    13648888        13648944        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9363;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13649295        13649577        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9362;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13649816        13651468        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9361;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13651736        13651789        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9360;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13652270        13652365        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9359;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13652643        13652730        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9358;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13653175        13653212        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9357;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13653587        13653641        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9356;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13653764        13653817        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9355;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13653910        13653974        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9354;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13654085        13654164        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9353;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13654474        13654828        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9352;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   exon    13656667        13656687        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:exon:9351;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13656667        13656687        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13654474        13654828        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13654085        13654164        .       -       2       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13653910        13653974        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13653764        13653817        .       -       1       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13653587        13653641        .       -       1       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13653175        13653212        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13652643        13652730        .       -       1       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13652270        13652365        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13651736        13651789        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   CDS     13651319        13651468        .       -       0       ID=GAMO_00029212-RA:cds;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   three_prime_UTR 13649816        13651318        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:three_prime_utr;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   three_prime_UTR 13649295        13649577        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:three_prime_utr;Parent=GAMO_00029212-RA;
LG08    maker   three_prime_UTR 13648888        13648944        .       -       .       ID=GAMO_00029212-RA:three_prime_utr;Parent=GAMO_00029212-RA;

Carson, I saw that, but I did use Uniprot/Swiss-prot. A snap of the blast-output used as input here:
GAMO_00029212-RA        sp|Q8BJZ3|LFG3_MOUSE    53.93   280     112     3       81      348     33      307     2e-92    285
GAMO_00029212-RA        sp|Q969X1|LFG3_HUMAN    54.51   288     103     5       76      347     33      308     4e-92    284
GAMO_00029212-RA        sp|Q9BWQ8|LFG2_HUMAN    45.73   328     134     6       44      351     13      316     2e-86    270
GAMO_00029212-RA        sp|Q5R4I4|LFG2_PONAB    45.73   328     134     6       44      351     13      316     3e-86    269
GAMO_00029212-RA        sp|Q1LZ71|LFG2_BOVIN    45.03   322     145     5       44      351     13      316     5e-84    264
GAMO_00029212-RA        sp|O88407|LFG2_RAT      44.65   327     139     6       44      351     13      316     8e-83    261
GAMO_00029212-RA        sp|Q8K097|LFG2_MOUSE    45.16   310     129     5       60      351     31      317     1e-80    255
GAMO_00029212-RA        sp|Q7Z429|LFG1_HUMAN    39.32   351     164     9       32      351     39      371     6e-69    226
GAMO_00029212-RA        sp|Q32L53|LFG1_BOVIN    41.69   343     158     8       29      351     46      366     8e-66    218
GAMO_00029212-RA        sp|Q9ESF4|LFG1_MOUSE    40.43   324     156     8       53      351     34      345     2e-59    201
GAMO_00029212-RA        sp|Q6P6R0|LFG1_RAT      39.71   345     165     11      34      351     20      348     2e-59    201
GAMO_00029212-RA        sp|Q9DA39|LFG4_MOUSE    35.59   222     120     7       142     351     27      237     3e-24    103
GAMO_00029212-RA        sp|Q49P94|GAAP_VACCL    33.47   239     128     9       113     337     1       222     5e-22   97.1
GAMO_00029233-RA        sp|Q2KIK0|SGT1_BOVIN    53.18   299     100     3       5       268     17      310     5e-89    275
GAMO_00029233-RA        sp|B0BN85|SGT1_RAT      51.51   299     104     3       5       268     16      308     5e-86    268
GAMO_00029233-RA        sp|Q9CX34|SGT1_MOUSE    51.51   299     104     3       5       268     16      308     8e-86    267
GAMO_00029233-RA        sp|Q9Y2Z0|SGT1_HUMAN    46.83   331     100     5       5       268     16      337     1e-80    254
GAMO_00029233-RA        sp|Q0JL44|SGT1_ORYSJ    30.75   322     160     4       10      268     16      337     5e-36    137
GAMO_00029233-RA        sp|Q9SUT5|SGT1B_ARATH   27.99   318     171     4       9       268     11      328     3e-35    135
GAMO_00029233-RA        sp|Q9SUR9|SGT1A_ARATH   28.28   297     159     5       24      268     26      320     7e-35    134
GAMO_00029233-RA        sp|Q55ED0|SGT1_DICDI    37.72   167     63      3       138     268     196     357     5e-25    107

521 genes have had added function before maker_functional_gff choked particular gene GAMO_00029233.

Thank you.

Ole

[Carson Holt]

Find the hit for GAMO_00029233 and then pull it’s header line out of the Uniprot fasta file. There may be an unexpected formatting difference in that header.

—Carson

[Ole Kristian Tørresen]

Here's the hits for GAMO_00029233
>sp|Q9SUR9|SGT1A_ARATH Protein SGT1 homolog A OS=Arabidopsis thaliana GN=SGT1A PE=1 SV=1
>sp|Q9SUT5|SGT1B_ARATH Protein SGT1 homolog B OS=Arabidopsis thaliana GN=SGT1B PE=1 SV=1
>sp|Q2KIK0|SGT1_BOVIN Protein SGT1 homolog OS=Bos taurus GN=SUGT1 PE=2 SV=1
>sp|Q55ED0|SGT1_DICDI Protein SGT1 homolog OS=Dictyostelium discoideum GN=sugt1 PE=2 SV=1
>sp|Q9Y2Z0|SGT1_HUMAN Protein SGT1 homolog OS=Homo sapiens GN=SUGT1 PE=1 SV=3
>sp|Q9CX34|SGT1_MOUSE Protein SGT1 homolog OS=Mus musculus GN=Sugt1 PE=1 SV=3
>sp|Q0JL44|SGT1_ORYSJ Protein SGT1 homolog OS=Oryza sativa subsp. japonica GN=SGT1 PE=1 SV=1
>sp|B0BN85|SGT1_RAT Protein SGT1 homolog OS=Rattus norvegicus GN=Sugt1 PE=2 SV=1

The bovin is the first hit. I can't really see anything different about that. 

I'm don't know perl that well. Do you have some code which I can use to debug this? In line 58 it tries to access the blast hash with the ID as a key, if I understand this correctly. Either the hash is empty where the key tries to access, or the key is empty. If I could print each ID as it is found, maybe I can find a pattern. And/or print each blast entry when the blast hash is created.

Thank you.

Ole

[Carson Holt]

Perhaps the easiest way to look at this is if you send us the files. I’m still leaning towards a format error. But it’s the kind of thing where I would need the files to find the specific entry.

—Carson

[Ole Kristian Tørresen]

I found the mistake, I used different versions of SwissProt/UniProt for BLASTing and as an option for maker_functional_gff. When I changed to the same version, the error went away.

Sad to say, but stuff like different versions of SwissProt/UniProt do accumulate over time a bit...

Thank you.

Ole