MOCCASIN model matrix

[Maoting Chen]

Hi,

I am working on differential splicing caused by 4 treatments, each with 6 replicates.

From differential expression analysis, I found that the RNA-seq  data has batch effect. Therefore, I want to used the package MOCCASIN to remove the batch effect. But I have some problem with the model matrix. The model matrix I intended to use is as follow (T for treatment):

filename    T1    T2    T3   T4   batch1    batch2    batch3    batch4    batch5    batch6
Sample1    1    0    0    0    1    0    0    0    0    0
Sample2    1    0    0    0    0    1    0    0    0    0
Sample3     1    0    0    0    0    0    1    0    0    0
Sample4     1    0    0    0    0    0    0    1    0    0
Sample5     1    0    0    0    0    0    0    0    1    0
Sample6     1    0    0    0    0    0    0    0    0    1
Sample7      0    1    0    0    1    0    0    0    0    0
Sample8      0    1    0    0    0    1    0    0    0    0
Sample9     0    1    0    0    0    0    1    0    0    0
Sample10     0    1    0    0    0    0    0    1    0    0
Sample11      0    1    0    0    0    0    0    0    1    0
Sample12      0    1    0    0    0    0    0    0    0    1
Sample13      0    0    1    0    1    0    0    0    0    0
Sample14      0    0    1    0    0    1    0    0    0    0
Sample15      0    0    1    0    0    0    1    0    0    0
Sample16      0    0    1    0    0    0    0    1    0    0
Sample17      0    0    1    0    0    0    0    0    1    0
Sample18      0    0    1    0    0    0    0    0    0    1
Sample19      0    0    0    1    1    0    0    0    0    0
Sample20      0    0    0    1    0    1    0    0    0    0
Sample21      0    0    0    1    0    0    1    0    0    0
Sample22      0    0    0    1    0    0    0    1    0    0
Sample23      0    0    0    1    0    0    0    0    1    0
Sample24      0    0    0    1    0    0    0    0    0    1

And the command I used was 

python moccasin.py modelmat.tsv ../majiq_build AfterMOCCASIN_majiq_file batch1 1 batch2 batch3 batch4 batch5 batch6 -J 8

I got the error saying my model matrix is not full rank. But how should I design a full rank model matrix to remove the batch effect.

Thanks,

Maoting