[sassie-web/sassie2-feedback][important] 'Segment basis input in density plot for glycan segments' xin.gao.15@ucl.ac.uk

[genapp.not...@gmail.com]

subject : Segment basis input in density plot for glycan segments
from : xingaoucl
email : xin.g...@ucl.ac.uk
level : important
------------------------
Dear SASSIE, my density plot run was failed for protein with glycan. I am not sure is the problem of my segments input or the input file . I used the ''CA'' as ''segment basis'' for my glycan segment. Many Thanks XIn Gao

[mads...@gmail.com]

Hi,

For your glycan issue in density plot, you need to choose a unique atom name for that segment/segname.  There is no CA atom name in that segment.

(See below).

Cheers,

Joseph

ATOM  10891  C1  BGL C   1      -5.969  11.970   4.455  1.00  0.00      CARA

ATOM  10892  H1  BGL C   1      -6.221  12.351   3.442  1.00  0.00      CARA

ATOM  10893  C5  BGL C   1      -6.818  13.968   5.376  1.00  0.00      CARA

ATOM  10894  H5  BGL C   1      -7.043  14.270   4.331  1.00  0.00      CARA

ATOM  10895  O5  BGL C   1      -5.733  13.039   5.377  1.00  0.00      CARA

ATOM  10896  C2  BGL C   1      -7.129  11.170   4.987  1.00  0.00      CARA

ATOM  10897  H2  BGL C   1      -6.869  10.806   6.003  1.00  0.00      CARA

ATOM  10898  N   BGL C   1      -7.429  10.035   4.142  1.00  0.00      CARA

ATOM  10899  HN  BGL C   1      -8.135  10.207   3.460  1.00  0.00      CARA

ATOM  10900  C   BGL C   1      -6.949   8.806   4.296  1.00  0.00      CARA

ATOM  10901  O   BGL C   1      -6.066   8.543   5.108  1.00  0.00      CARA

ATOM  10902  CT  BGL C   1      -7.537   7.757   3.394  1.00  0.00      CARA

ATOM  10903  HT1 BGL C   1      -6.801   7.486   2.607  1.00  0.00      CARA

ATOM  10904  HT2 BGL C   1      -8.459   8.146   2.912  1.00  0.00      CARA

ATOM  10905  HT3 BGL C   1      -7.794   6.856   3.991  1.00  0.00      CARA

ATOM  10906  C3  BGL C   1      -8.341  12.074   5.120  1.00  0.00      CARA

ATOM  10907  H3  BGL C   1      -8.606  12.474   4.118  1.00  0.00      CARA

ATOM  10908  O3  BGL C   1      -9.462  11.326   5.574  1.00  0.00      CARA

ATOM  10909  HO3 BGL C   1      -9.837  10.957   4.772  1.00  0.00      CARA

ATOM  10910  C4  BGL C   1      -8.019  13.271   5.979  1.00  0.00      CARA

ATOM  10911  H4  BGL C   1      -7.754  12.913   6.997  1.00  0.00      CARA

ATOM  10912  O4  BGL C   1      -9.039  14.273   6.036  1.00  0.00      CARA

ATOM  10913  C6  BGL C   1      -6.379  15.193   6.132  1.00  0.00      CARA

ATOM  10914  H61 BGL C   1      -7.086  16.027   5.933  1.00  0.00      CARA

ATOM  10915  H62 BGL C   1      -5.363  15.498   5.802  1.00  0.00      CARA

ATOM  10916  O6  BGL C   1      -6.405  14.875   7.518  1.00  0.00      CARA