Compañero, podrías contarnos que debe hacer tu algoritmo?
No creo que recorrer un XML varias veces sea una solución acertada, quizás utilizando los operadores de XML podamos ayudarte a encontrar una solución que no sea tan costosa ( O(n)*m).
Saludos.
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Yo analizaria la estructura de datos, estoy seguro que se puede modificar para que se pueda tratar de manera más óptima. Lo que està claro es que si ni es capaz de tratar un xml en los 15 segundos de time out, es que algo mal hay en tus datos o algoritmo.