git clone が使えない時の対処

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Tomoko Shibata

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Apr 17, 2015, 2:03:14 AM4/17/15
to lpm-us...@googlegroups.com
東北メディカル・メガバンクの柴田です。
MLに初めて登録させていただきました。
よろしくお願いいたします。

さっそくですが、LPMをインストールしたのち、いろいろパッケージを入れていたのですが、
githubにあるものだけうまく行きません。

---
$ lpm install klab

Local Package Manager (LPM) version 1.61
Copyright by Masahiro Kasahara

  arch  = x86_64 (x86_64)
  tar   = available (path = /bin/tar)
  gzip  = available (path = /bin/gzip)
  bzip  = available (path = /usr/bin/bzip2)
  unzip = available (path = /usr/bin/unzip)
  xz    = available (path = /usr/bin/xz)
  make  = available (path = /usr/bin/make)
  gpg   = available (path = /usr/bin/gpg)
  os    = Red Hat Enterprise Linux Server release 6.4 (Santiago)

% gpg --homedir /home/tshibata/lcl1/lib/lpm --verify /home/tshibata/lcl1/lib/lpm/klab.lpm.asc
gpg: 2013年04月11日 17時09分49秒 JSTにDSA鍵ID 8E368265で施された署名
gpg: “LPM package (LPM main repository) <l...@kasahara.ws>”からの正しい署名
  $ /home/tshibata/lcl1/bin/git clone git://github.com/mkasa/klab.git klab
Cloning into 'klab'...
fatal: unable to connect to github.com:
github.com[0: 192.30.252.129]: errno=??????????

ERROR: The previous process exited with error code 128.
----

どうやら私の環境ではgit cloneがうまくいかないようで、
---

$ git clone git://github.com/mkasa/klab.git klab

Initialized empty Git repository in /share1/home/tshibata/klab/.git/

github.com[0: 192.30.252.130]: errno=Connection refused

fatal: unable to connect a socket (Connection refused)

---

wget ならうまくとれるので、それをtar ballにしてファイルを指定してインストールしようとしたのですが、

---

$ wget https://github.com/mkasa/klab/archive/master.zip

$ unzip master

$ tar cvfz klab.tar.gz klab-master

$ lpm install klab.tar.gz 

---

としてみましたがやはり失敗してしまいます↓

---

[tshibata@gwp103 ~]$ lpm install klab.tar.gz 


Local Package Manager (LPM) version 1.61

Copyright by Masahiro Kasahara


  arch  = x86_64 (x86_64)

  tar   = available (path = /bin/tar)

  gzip  = available (path = /bin/gzip)

  bzip  = available (path = /usr/bin/bzip2)

  unzip = available (path = /usr/bin/unzip)

  xz    = available (path = /usr/bin/xz)

  make  = available (path = /usr/bin/make)

  gpg   = available (path = /usr/bin/gpg)

  os    = Red Hat Enterprise Linux Server release 6.4 (Santiago)


  '/home/tshibata/lcl1/archive/klab.tar.gz' already exists, so we skip downloading it.

  If the file is broken, please remove it first, and try again.

  Checking if /home/tshibata/lcl1/archive/klab.tar.gz has a directory

  $ /bin/gzip -cd /home/tshibata/lcl1/archive/klab.tar.gz | /bin/tar -t

    Yes. name = 'klab-master'

  Extracting /home/tshibata/lcl1/archive/klab.tar.gz to /home/tshibata/lcl1/build/klab-source ...

  $ pwd

  /share1/home/tshibata/lcl1/build/klab-source

  $ /bin/gzip -cd /home/tshibata/lcl1/archive/klab.tar.gz | /bin/tar -x

  done

  $ ./configure --prefix=/home/tshibata/lcl1

ERROR: Failed to execute the above command line.

INFO: The build seemed to have failed.

      The reason of the build failure may vary, but it is a good

      starting point to check the very first error in the log message.

      Errors other than the very first one might have been caused by

      the first one.

----

私が何か的はずれなことをしているのではないかと思うのですが、
どなたかご指摘いただけると大変助かります。
よろしくお願いいたします。

柴田



Masahiro Kasahara

unread,
Apr 17, 2015, 2:13:06 AM4/17/15
to lpm-users-jp
柴田さん、


こっちだとうまく動きますか?
動くならこちらで対処してみます。

動かないなら、git をバージョンアップしてもう一度試してもらっても良いですか。

--
笠原 雅弘 <mk...@cb.k.u-tokyo.ac.jp>
東京大学大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
〒277-8583 千葉県柏市柏の葉5-1-5総合研究棟351 CB09
TEL: 04-7136-4110  FAX: 04-7136-4500

--
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Tomoko Shibata

unread,
Apr 17, 2015, 2:20:34 AM4/17/15
to lpm-us...@googlegroups.com, mk...@cb.k.u-tokyo.ac.jp
笠原さま

あ、それは動きました。

--

[tshibata@gwp103 ~]$  git clone https://github.com/mkasa/klab.git

Cloning into 'klab'...

remote: Counting objects: 737, done.

remote: Total 737 (delta 0), reused 0 (delta 0), pack-reused 737

Receiving objects: 100% (737/737), 1.52 MiB | 428.00 KiB/s, done.

Resolving deltas: 100% (465/465), done.

Checking connectivity... done

---

よろしくお願いします!

柴田

NISHIYAMA Tomoaki

unread,
Apr 17, 2015, 2:21:15 AM4/17/15
to lpm-us...@googlegroups.com, NISHIYAMA Tomoaki

> $ git clone git://github.com/mkasa/klab.git klab
> Initialized empty Git repository in /share1/home/tshibata/klab/.git/
> github.com[0: 192.30.252.130]: errno=Connection refused
> fatal: unable to connect a socket (Connection refused)


ということはFirewallの設定が厳しくて、gitプロトコールは通らないということじゃないかな。
http://qiita.com/dogyear/items/70db9a8a3c3f66a85f9c
によると9418番ポートだそうです。(本家情報はhttp://git-scm.com/book/es/v2/Git-on-the-Server-The-Protocols)
東北メディカル・メガバンクだと規制していても不思議ではないですね。
lpm scriptの方を書き換えて使うというのが素直そうだけど、
lpm本体を書き換えて、gitプロトコールで失敗したら自動的にhttps
に切り替えるのも不可能ではなさそうな気もしますね。

--
西山智明

金沢大学学際科学実験センター
ゲノム機能解析分野
(920-0934 金沢市宝町13-1)

Tomoaki NISHIYAMA
Advanced Science Research Center,
Kanazawa University,
13-1 Takara-machi
Kanazawa, 920-0934 Japan

Masahiro Kasahara

unread,
Apr 17, 2015, 2:29:54 AM4/17/15
to lpm-users-jp
柴田さん、みなさま、

生の git プロトコルは github としてもおそらく非推奨になってしまっているらしく、
github 上の web ページのボタンでは現れなくなってしまっているみたいです。

そこで、klab.lpm も含めて git を https 経由以外で使っているパッケージを
探し出して全部 https 経由に書き換えました。

# 手元の環境では書き換え後も動きました。

--
笠原 雅弘 <mk...@cb.k.u-tokyo.ac.jp>
東京大学大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
〒277-8583 千葉県柏市柏の葉5-1-5総合研究棟351 CB09
TEL: 04-7136-4110  FAX: 04-7136-4500

Tomoko Shibata

unread,
Apr 17, 2015, 2:52:36 AM4/17/15
to lpm-us...@googlegroups.com, mk...@cb.k.u-tokyo.ac.jp
笠原さま

おかげさまでklabその他、無事インストールできるようになりました。
ありがとうございました!

柴田
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