Oi Mario, tudo bem?
Essas classes com método main no geral são testes, pra sabermos se determinado comportamento está funcionando. Uma classe específica, um único método, etc.
Uma aplicação "real" costuma ter um único ponto de partida, um único método main. Em uma aplicação desktop, por exemplo, o ponto de partida poderia ser a tela de login ou qualquer outra tela principal. O seu método main apenas abriria essa tela. Daí pra frente o clique dos botões, dos links do menu e outras ações que executariam as outras partes do seu código.
Faz sentido?