consegui fazer recebendo as variáveis passadas por parâmetro como o vitor batista explicou.
agora com relação ao output, desta forma o comando exec já consegue trazer td.
Obrigado Fabio, Vitor e Gustavo.
abaixo segue como ficou um exemplo do script para que interessar.
<?php
exec("./script.sh 'Parametro 01' 'Parametro 02' parametro3 5 6 && exit", $output);
foreach ($output as $row) echo $row . "<br>";
?>
// shell script
#!/bin/bash
echo Foram digitados $# parâmetros. São eles: $*
echo O primeiro parâmetro foi: $1
echo O nome do script é: $0