O comando exec vai executar comandos do Sistema Operacional, ou scripts que sejam predefinidos por você, ou mesmo algum "alias", presumindo que você está rodando esse PHP seu em um Linux ou Unix.
Nessa caso, não é o php que vai "rodar" o comando como root, mas o Sistema Operacional que deve estar preparado para permitir que você, ou sua aplicação PHP, tenha acesso a executar esse comando.
CASO você tenha acesso ao root, procure saber sobre o aplicativo SUDO, que permite distribuir comandos ou tarefas que somente o usuário root poderia ter, a outros usuários de nível de acesso menor.
Abraços.
Atenciosamente.