Cria no arquivo principal uma variavel do tipo array.
Ex: $sql[] = array();
E neste mesmo arquivo vai dando include dos arquivos com os codigos SQL.
Nestes arquivos de codigo SQL utilize assim:
$sql[] = "CREATE TABLE $banco.TABELA ..."
Onde a variavel $banco é o nome do banco.
Assim não precisa rodar REPLACE, nem nada.
Depois no arquivo principal é só percorrer este array $sql e executar cada um dos comandos ali contidos.
Se não quer dar include em arquivo por arquivo, pode fazer um FOR em arquivos encontrados em determinado diretorio, mas neste caso tem que cuidar com a ordem dos arquivos, ja que provavelmente algum comando SQL dependa de outro comando executado anteriormente.