Nobre colega, eu gerencio todo meu operacional através do GLPI, tanto para suporte quanto para desenvolvimento de projetos e customizações. Ele também funciona como área do cliente, base de conhecimentos e integrei ao meu CI para os deploys.
Para geração de nf's e boletos eu uso meu próprio ERP, no entanto é tão simples que você poderia criar algo para isso em uma semana, basta você pegar do GLPI os dados para faturamento e integrar a um gateway de boleto e um gateway de nf.
Fazer NF de serviço na mão é cilada total. Você entrega hoje funcionando e de 10 em 10 dias tem alguma modificação na prefeitura que te fode.
Norivan OliveiraAnalista Desenvolvedor