Se eu entendi bem, vc já deve ter os documentos xml referentes as notas fiscais eletrônicas emitidas a seus destinatários. O que pretende fazer é criar um repositório usando um diretório do seu site, para que seus clientes possam baixar e/ou gerar o Danfe destas notas a partir da chave de acesso correto?
Bom vamos lá, eu tenho isso em alguns clientes, meu AC tem uma configuração em seu integrador, o que ele faz é enviar uma cópia do xml após a autorização de uso da NFe para o email registrado no cadastro de cliente, após isso uma cópia do xml é enviada via FTP para um diretório no site do emissor, assim caso o cliente precise ele acessa o site usando a chave de acesso e pode visualizar os dados da NFe e baixar o xml ou gerar o Danfe em formato pdf. É uma demanda interessando pois muitos clientes receptores, recebem o xml que é a nota fiscal em sí, e depois entram em contato com o emissor para exigir o pdf, a legislação diz que o emitente deve disponibilizar o xml ao destinatário, o pdf referente ao documento auxiliar da nota fiscal eletrônica "Danfe" é um extrato físico da nota fiscal, então não temos obrigação de enviar este documento em formato pdf pois o danfe já é enviado junto a mercadoria, para não gerar discussões com o cliente do meu cliente resolvemos criar esta solução onde eles podem acessar o site e gerar o pdf das NFe emitidas, sem uso de programas auxiliares para isso, como o DanfeView e outros sites que já fazem como webDanfe, Fsiste e outros. Caso esteja interessado em desenvolver: Para gerar o Danfe eu usei uma classe do projeto NFePHP. É algo simples de se fazer.
Agora se seu objetivo é criar um repositório para uso interno e restrito a empresa para armazenar de maneira segura os xml de entrada e saída, sugiro que pesquise sobre o assunto CloudNFe já existem ótimas soluções no mercado para este fim e pelo que entendi nosso colega @Rodrigo possui uma solução neste sentido também. Sugiro ler a documentação referente a "manifestação do destinatário" é possível confronta todas as NFe emitidas contra seu CNPJ e baixar seus xml de Entrada quando necessário.