Ничего не знаю про сервера minecraft, но такой вопрос: наверняка оба пытаются забиндиться на какой-то стандартный порт, который будет занят к моменту запуска второго сервера. Как это разруливается?
ЗЫ: Семь бед - один strace, запусти из-под него, чтобы понять на чем он обломался. Наверняка упал потому, что ошибка возвернутая каким-то системным вызовом не обработана правильно.