А какой используется уровень совместимости Debhelper? Что-нибудь
полезное выводится при выставленной переменной окружения DH_VERBOSE=1?
Вообще говоря, dh_makeshlibs(1) представляет собой относительно простой
Perl-сценарий, и его можно отладить родными для Perl инструментами.
Например, можно воспользоваться полной трассировкой.
perl -d:Trace /usr/bin/dh_makeshlibs
Возможно, будет что-нибудь полезное.
Потребуется установленный пакет libdevel-trace-perl.