aiutino regular expression in sed
Paolo Sala
opzionalmente una parola?
Ho dei file di testo tipo:
[...]
Sample Name: 909388-001 1° 1:10
[...]
oppure
[...]
Sample Name: Std livello 3 Injection
Volume: 25,0
[...]
oppure
[...]
Sample Name: 909436-002 1:2 Injection
Volume: 25,0
[...]
Io dovrei in questi file andare a prendere il sample name. Prima faccio
un grep Sample\ Name e poi pensavo di prendere il sample name con sed.
Mi piacerebbe dire qualcosa tipo:
prendi dopo Sample\ Name:[\ \t]* tutto fino a Injection oppure, se
Injection non c'è, fino alla fine della riga.
Spero di essermi spiegato.
Grazie mille
Piviul
--
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Paolo Sala
> [Paolo Sala, lunedì 9 novembre 2009]
>
>> Mi piacerebbe dire qualcosa tipo:
>> prendi dopo Sample\ Name:[\ \t]* tutto fino a Injection oppure, se
>> Injection non c'è, fino alla fine della riga.
>>
>
> gestire il caso in cui "Injection" non c'è..
> Ma mi pare troppo semplice, quindi forse non ho capito bene... :)
>
Invece hai capito benissimo!!! Lo sapevo che era semplice ma non mi
veniva in mente.
In ogni caso non è possibile fare il match di tutto fino a che non si
incontri la parola tizio oppure la parola caio? Questo non lo so proprio
fare.
Mille grazie.
Duffy DaC
> prendi dopo Sample\ Name:[\ \t]* tutto fino a Injection oppure, se
> Injection non c'è, fino alla fine della riga.
Beh, potresti prima di tutto togliere "Injection", cosi poi ti basta
gestire il caso in cui "Injection" non c'è..
Ma mi pare troppo semplice, quindi forse non ho capito bene... :)
--
DaC
44°59'N 7°27'E
Pietro Giorgianni
> Io dovrei in questi file andare a prendere il sample name. Prima faccio
> un grep Sample\ Name e poi pensavo di prendere il sample name con sed.
A quanto pare, sed non supporta l'opzione nongreedy.
Una possibilità potrebbe essere cut, tipo:
grep ^Sample prova.txt | cut -b 15-50
Questo funziona se c'è una certa regolarità tra le colonne, ovvero se
non succede mai che Injection inizi prima di quando finisce l'ultimo
Sample Name.
Un'altra possibilità, se tra Sample Name: e il nome e poi tra il nome
e Injection ci sono almeno due spazi, è:
grep ^Samp prova.txt | sed "s/[ \t][ \t]\+/|/g" | gawk -F"|" '{print $2}'
pietro
Duffy DaC
> si incontri la parola tizio oppure la parola caio? Questo non lo so
> proprio fare.
Una stringa di caratteri "comuni" dovrebbe matchare se stessa, quindi,
ammettendo che compaia in tutte le righe..
s/^Sample Name:[ \t]*\(.*\)[ \t]*Injection/&1/
dovrebbe *forse* (non l'ho provato) trasformarti la riga lasciando
solo ciò che ti interessa.
L'uso di \( \) e &1 penso tu lo possa approfondire nel man.
HTH,
--
DaC
44°59'N 7°27'E
Paolo Sala
> [Paolo Sala, lunedì 9 novembre 2009]
>
>> In ogni caso non è possibile fare il match di tutto fino a che non
>> si incontri la parola tizio oppure la parola caio? Questo non lo so
>> proprio fare.
>>
>
> Una stringa di caratteri "comuni" dovrebbe matchare se stessa, quindi,
> ammettendo che compaia in tutte le righe..
>
> s/^Sample Name:[ \t]*\(.*\)[ \t]*Injection/&1/
>
altrimenti mi tira dietro anche Sample Name! Poi il problema è che
Injection dovrebbe essere opzionale e questo non so come fare a dirglielo...
Ciao e mille grazie ancora
Piviul
Paolo Sala
> [...]
> Un'altra possibilità, se tra Sample Name: e il nome e poi tra il nome
> e Injection ci sono almeno due spazi, è:
>
matchare ma non ce l'ho fatta...
> grep ^Samp prova.txt | sed "s/[ \t][ \t]\+/|/g" | gawk -F"|" '{print $2}'
>
Perfetto, non ci avevo pensato! al posto di gawk poi si potrebbe sempre
usare cut -d\| -f 2
Mille e mille grazie!!!
Piviul
Alfredo Finelli
> Ciao a tutti, come si fa a matchare tutto fino a che non contiene
> opzionalmente una parola?
>
> Ho dei file di testo tipo:
> [...]
> Sample Name: 909388-001 1° 1:10
> [...]
>
> oppure
> [...]
> Sample Name: Std livello 3 Injection
> Volume: 25,0
> [...]
>
> oppure
> [...]
> Sample Name: 909436-002 1:2 Injection
> Volume: 25,0
> [...]
>
>
Se ho capito bene ecco un esempio:
$ cat file1.tmp
Sample Name: 909388-001 1° 1:10
Sample Name: Std livello 3 Injection
Volume: 25,0
Sample Name: 909436-002 1:2 Injection
Volume: 25,0
$ cat script.sed
/^Sample Name:/ {
s/[ \t]*Injection.*//
s/^Sample Name:[ \t]*//
p
}
$ sed -nf script.sed file1.tmp
909388-001 1° 1:10
Std livello 3
909436-002 1:2
$
Lo script sed seleziona solo le righe che servono, ne elimina la parte
finale se necessario, poi elimina la parte iniziale e poi stampa ciò che
rimane, cioè uno o più campi. Sed è eseguito con l'opzione '-n' in modo
da non trovare sullo standard output tutte le altre righe.
Saluti,
alfredo
Scander
Paolo Sala <piv...@riminilug.it> wrote:
> Ciao a tutti, come si fa a matchare tutto fino a che non contiene
> opzionalmente una parola?
>
> Ho dei file di testo tipo:
> [...]
> Sample Name: 909388-001 1° 1:10
> [...]
>
> oppure
> [...]
> Sample Name: Std livello 3 Injection
> Volume: 25,0
> [...]
>
> oppure
> [...]
> Sample Name: 909436-002 1:2 Injection
> Volume: 25,0
> [...]
Mah, se ho capito bene cosa intendi, secondo me si può fare tutto con
una sola riga di awk. Qualcosa tipo:
gawk -F"Injection" '/Sample Name/ {split($1,a,"Sample Name:");print
a[2]}' nome_del_tuo_file
Non l'ho testato, magari fai una prova tu ;-)
Saluti
Scander
Max
> On Mon, 09 Nov 2009 11:43:24 +0100
> Paolo Sala <piv...@riminilug.it> wrote:
>
>> Ciao a tutti, come si fa a matchare tutto fino a che non contiene
>> opzionalmente una parola?
>> Sample Name: Std livello 3 Injection
>> Volume: 25,0
>> [...]
vuoi recuperare anche la riga con "Volume:"?
oppure solo quello che sta scritto dopo "Sample Name"?
Max
Paolo Sala
> vuoi recuperare anche la riga con "Volume:"?
> oppure solo quello che sta scritto dopo "Sample Name"?
Ancora mille e mille grazie
Piviul