Below is the full syntax. Let me know if you have ideas for why the model looks okay (factor loadings and fit indices) with just one complete imputed dataset, but not when I try to use cfa.mi to pool the fit indices.
#Baseline model
baseline.model = 'ASmom1 =~ NA*fm21ags.1_r + fm22ags.1_r + fm23ags.1_r + fm24ags.1_r + 1*fm25ags.1_r + fm26ags.1_r + fm27ags.1_r + fm28ags.1_r + fm29ags.1_r + fm30ags.1_r
ASmom2 =~ NA*fm21ags.2_r + fm22ags.2_r + fm23ags.2_r + fm24ags.2_r + 1*fm25ags.2_r + fm26ags.2_r + fm27ags.2_r + fm28ags.2_r + fm29ags.2_r + fm30ags.2_r
ASmom3 =~ NA*fm21ags.3_r + fm22ags.3_r + fm23ags.3_r + fm24ags.3_r + 1*fm25ags.3_r + fm26ags.3_r + fm27ags.3_r + fm28ags.3_r + fm29ags.3_r + fm30ags.3_r
ASmom1 ~~ ASmom1 + ASmom2 + ASmom3
ASmom2 ~~ ASmom2 + ASmom3
ASmom3 ~~ ASmom3
ASmom1 ~ 0*1
ASmom2 ~ 1
ASmom3 ~ 1
fm21ags.1_r | fm21ags.1_rt1*t1 + fm21agst2*t2 + fm21ags.1_rt3*t3
fm21ags.2_r | fm21ags.2_rt1*t1 + fm21agst2*t2 + fm21ags.2_rt3*t3
fm21ags.3_r | fm21ags.3_rt1*t1 + fm21agst2*t2 + fm21ags.3_rt3*t3
fm22ags.1_r | fm22ags.1_rt1*t1 + fm22agst2*t2 + fm22ags.1_rt3*t3
fm22ags.2_r | fm22ags.2_rt1*t1 + fm22agst2*t2 + fm22ags.2_rt3*t3
fm22ags.3_r | fm22ags.3_rt1*t1 + fm22agst2*t2 + fm22ags.3_rt3*t3
fm23ags.1_r | fm23ags.1_rt1*t1 + fm23agst2*t2 + fm23ags.1_rt3*t3
fm23ags.2_r | fm23ags.2_rt1*t1 + fm23agst2*t2 + fm23ags.2_rt3*t3
fm23ags.3_r | fm23ags.3_rt1*t1 + fm23agst2*t2 + fm23ags.3_rt3*t3
fm24ags.1_r | fm24ags.1_rt1*t1 + fm24agst2*t2 + fm24ags.1_rt3*t3
fm24ags.2_r | fm24ags.2_rt1*t1 + fm24agst2*t2 + fm24ags.2_rt3*t3
fm24ags.3_r | fm24ags.3_rt1*t1 + fm24agst2*t2 + fm24ags.3_rt3*t3
fm25ags.1_r | fm25ags.1_rt1*t1 + fm25agst2*t2 + fm25agst3*t3
fm25ags.2_r | fm25ags.2_rt1*t1 + fm25agst2*t2 + fm25agst3*t3
fm25ags.3_r | fm25ags.3_rt1*t1 + fm25agst2*t2 + fm25agst3*t3
fm26ags.1_r | fm26ags.1_rt1*t1 + fm26ags.1_rt2*t2 + fm26agst3*t3
fm26ags.2_r | fm26ags.2_rt1*t1 + fm26ags.2_rt2*t2 + fm26agst3*t3
fm26ags.3_r | fm26ags.3_rt1*t1 + fm26ags.3_rt2*t2 + fm26agst3*t3
fm27ags.1_r | fm27ags.1_rt1*t1 + fm27agst2*t2 + fm27ags.1_rt3*t3
fm27ags.2_r | fm27ags.2_rt1*t1 + fm27agst2*t2 + fm27ags.2_rt3*t3
fm27ags.3_r | fm27ags.3_rt1*t1 + fm27agst2*t2 + fm27ags.3_rt3*t3
fm28ags.1_r | fm28ags.1_rt1*t1 + fm28agst2*t2 + fm28ags.1_rt3*t3
fm28ags.2_r | fm28ags.2_rt1*t1 + fm28agst2*t2 + fm28ags.2_rt3*t3
fm28ags.3_r | fm28ags.3_rt1*t1 + fm28agst2*t2 + fm28ags.3_rt3*t3
fm29ags.1_r | fm29ags.1_rt1*t1 + fm29agst2*t2 + fm29ags.1_rt3*t3
fm29ags.2_r | fm29ags.2_rt1*t1 + fm29agst2*t2 + fm29ags.2_rt3*t3
fm29ags.3_r | fm29ags.3_rt1*t1 + fm29agst2*t2 + fm29ags.3_rt3*t3
fm30ags.1_r | fm30ags.1_rt1*t1 + fm30agst2*t2 + fm30ags.1_rt3*t3
fm30ags.2_r | fm30ags.2_rt1*t1 + fm30agst2*t2 + fm30ags.2_rt3*t3
fm30ags.3_r | fm30ags.3_rt1*t1 + fm30agst2*t2 + fm30ags.3_rt3*t3
fm21ags.1_r + fm22ags.1_r + fm23ags.1_r + fm24ags.1_r + fm25ags.1_r + fm26ags.1_r + fm27ags.1_r + fm28ags.1_r + fm29ags.1_r + fm30ags.1_r ~ 0*1
fm21ags.2_r + fm22ags.2_r + fm23ags.2_r + fm24ags.2_r + fm25ags.2_r + fm26ags.2_r + fm27ags.2_r + fm28ags.2_r + fm29ags.2_r + fm30ags.2_r ~ 0*1
fm21ags.3_r + fm22ags.3_r + fm23ags.3_r + fm24ags.3_r + fm25ags.3_r + fm26ags.3_r + fm27ags.3_r + fm28ags.3_r + fm29ags.3_r + fm30ags.3_r ~ 0*1
fm21ags.1_r ~~ 1*fm21ags.1_r
fm22ags.1_r ~~ 1*fm22ags.1_r
fm23ags.1_r ~~ 1*fm23ags.1_r
fm24ags.1_r ~~ 1*fm24ags.1_r
fm25ags.1_r ~~ 1*fm25ags.1_r
fm26ags.1_r ~~ 1*fm26ags.1_r
fm27ags.1_r ~~ 1*fm27ags.1_r
fm28ags.1_r ~~ 1*fm28ags.1_r
fm29ags.1_r ~~ 1*fm29ags.1_r
fm30ags.1_r ~~ 1*fm30ags.1_r
fm21ags.2_r ~~ NA*fm21ags.2_r
fm22ags.2_r ~~ NA*fm22ags.2_r
fm23ags.2_r ~~ NA*fm23ags.2_r
fm24ags.2_r ~~ NA*fm24ags.2_r
fm25ags.2_r ~~ NA*fm25ags.2_r
fm26ags.2_r ~~ NA*fm26ags.2_r
fm27ags.2_r ~~ NA*fm27ags.2_r
fm28ags.2_r ~~ NA*fm28ags.2_r
fm29ags.2_r ~~ NA*fm29ags.2_r
fm30ags.2_r ~~ NA*fm30ags.2_r
fm21ags.3_r ~~ NA*fm21ags.3_r
fm22ags.3_r ~~ NA*fm22ags.3_r
fm23ags.3_r ~~ NA*fm23ags.3_r
fm24ags.3_r ~~ NA*fm24ags.3_r
fm25ags.3_r ~~ NA*fm25ags.3_r
fm26ags.3_r ~~ NA*fm26ags.3_r
fm27ags.3_r ~~ NA*fm27ags.3_r
fm28ags.3_r ~~ NA*fm28ags.3_r
fm29ags.3_r ~~ NA*fm29ags.3_r
fm30ags.3_r ~~ NA*fm30ags.3_r
fm21ags.1_r ~~ fm21ags.2_r + fm21ags.3_r
fm21ags.2_r ~~ fm21ags.3_r
fm22ags.1_r ~~ fm22ags.2_r + fm22ags.3_r
fm22ags.2_r ~~ fm22ags.3_r
fm23ags.1_r ~~ fm23ags.2_r + fm23ags.3_r
fm23ags.2_r ~~ fm23ags.3_r
fm24ags.1_r ~~ fm24ags.2_r + fm24ags.3_r
fm24ags.2_r ~~ fm24ags.3_r
fm25ags.1_r ~~ fm25ags.2_r + fm25ags.3_r
fm25ags.2_r ~~ fm25ags.3_r
fm26ags.1_r ~~ fm26ags.2_r + fm26ags.3_r
fm26ags.2_r ~~ fm26ags.3_r
fm27ags.1_r ~~ fm27ags.2_r + fm27ags.3_r
fm27ags.2_r ~~ fm27ags.3_r
fm28ags.1_r ~~ fm28ags.2_r + fm28ags.3_r
fm28ags.2_r ~~ fm28ags.3_r
fm29ags.1_r ~~ fm29ags.2_r + fm29ags.3_r
fm29ags.2_r ~~ fm29ags.3_r
fm30ags.1_r ~~ fm30ags.2_r + fm30ags.3_r
fm30ags.2_r ~~ fm30ags.3_r'