Olha, eu solucionei o meu problema contornando ele.
O Textstudio não serviu mais pra compilar, dai eu parti pro trabalho manual, comecei a escrever o trabalho usando um editor bem simples, o Xed, depois rodava pelo terminal um script que compilava o .tex junto com as referências e me devolvia o PDF.
Dai eu fucei na configurações do Texstudio e vi que podia executar meu script lá dentro, foi o que fiz. Lá no menu de configurações, onde aparecem os comandos de compilação que o Texstudio usa, tem uma opção para você adicionar seus próprios comandos. Depois, ainda criei um atalho (Shift + 1) para rodar o script.
Resultado: Estou aproveitando as funcionalidades do Texstudio como editor, salvando e compilando lá mesmo, sem sair da janela, exceto para olhar o pdf que abre numa segunda janela.
#!/bin/bash
% compilar as referências
bibtex *.aux
% compilar o latex com as referências
latex -src -interaction=nonstopmode NomeDoAarquivo.tex
% criar PDF
pdflatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode "NomeDoAarquivo".tex
% leitor (de sua preferência) para exibir o pdf
xreader NomeDoAarquivo.pdf
Meu sistema é Linux Mint 19.2