Considerando que você está usando uma classe
x qualquer e o pacote
amsmath, a solução é fácil. Basta mudar o contador.
• Se as primeiras equações estão num ambiente como “align” ou “gather”, faça isso:
\documentclass{x}
\usepackage{amsmath}
\setcounter{equation}{39}
\begin{document}
\begin{align}
a+b & =0\\
\addtocounter{equation}{1}
x+y & =0\\
m+n & =0
\end{align}
\end{document}
• Se estiverem em ambientes separados, a solução não muda muito:
\documentclass{x}
\usepackage{amsmath}
\setcounter{equation}{39}
\begin{document}
\begin{equation}
a+b
\end{equation}
\addtocounter{equation}{1}
\begin{equation}
x+y
\end{equation}
\begin{equation}
m+n
\end{equation}
\end{document}