As diferenças entre as referências geradas com o ambiente thebibliography e o comando \bibliography no contexto do uso do pacote natbib se devem ao modo como cada abordagem trata a formatação e a gestão das referências bibliográficas.
1. thebibliography {99}--
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O formato descrito no código fornecido é o "apalike", que é um estilo de citação autor-data (author-year) usado em bibliografias no LaTeX. Este estilo produz citações no formato (Autor, Ano) no texto e formata as entradas na bibliografia sem rótulos numéricos, utilizando apenas o nome do autor e o ano. A referência é organizada por autor, seguida do título, ano, e outras informações como volume e página.
Neste estilo: