no texstudio há "encoding" do lado inferior direito. aí você pode escolher a codificação.
por padrão, é tudo utf8, e não há nenhuma razão sensata para não se utilizar unicode nos dias de hoje. se não houver "auto detect encoding" marcado nas opções (options --> configure textudio --> editor), marque.
a maneira mais fácil de se livrar do problema da codificação é copiando e colando o texto em um programa como notepad, gedit, kate, word, libreoffice, ou até mesmo no seu email. depois você copia e cola no texstudio e salva no padrão (utf8).
um arquivo .tex é texto puro, então, literalmente qualquer editor serve.