Olá Julio,
Eu consegui instalar o abnTex2 no MiKTeX portable.
Funciona perfeitamente.
Para instalar ele, basta clicar com o botão direito do mouse no ícone do MiKTeX na barra de tarefas e abrir o "MiKTeX Package Manager".
Então é só selecionar o abntex2 e instalar.
Provavelmente, você precisará instalar outros pacotes que a versão portable não instala automaticamente.
Abraços
Magno Massao Yamaguchi