Bom.... depende muito do que tem o seu trabalho ... num arquivo simples como:
\documentclass{standalone}
\begin{document}
$ \epsilon \neq \varepsilon $
\end{document}
a diferença é gritante:
As causas mais frequentes para esse tipo de problema são
1- Uma redefinição do valor de \epsilon (ou der \varepsilon)
2- Uso de uma fonte em os dois são iguais.
Mas a pergunta que não quer se calar é:
-- Porque voc6e está usando os dois no mesmo trabalho. Eles significam a mesma coisa,
portanto se o trabalho não é sobre tipografia ... não deveria usar os dois.
Paulo Ney